木叶十二忍：木叶村的十二位新一代杰出忍者的统称，有漩涡鸣人、春野樱、奈良鹿丸、秋道丁次、山中井野、犬冢牙、油女志乃、日向雏田、日向宁次、李洛克、天天，及已经叛离的宇智波佐助； 晓：一个由10名S级逃亡忍者组成的秘密组织。成员：零无-佩恩（尸体，本体长门）、白虎-小南（已退出，后被斑杀死）、朱雀-宇智波鼬（与佐助对决时因病身亡）、南斗-干柿鬼鲛（被捕获后，通灵出鲨鱼将自己吞噬）、青龙-迪达拉（与佐助战斗时自爆身亡）、玉女-赤砂之蝎（放水致死，死后由阿飞代替）、北斗-角都（败于鸣人，亡于卡卡西）、三台-飞段（被鹿丸用引爆符炸成碎块，埋于密境树林）、玄武-绝、空陈-大蛇丸（已脱离，被鼬封印）。现存2人：绝、宇智波斑人物角色(14张)。 根：团藏（死于佐助）、佐井、信、山中风（成为秽土转生祭品而死）、油女取根（被斑杀死）、寺井等； 三忍：自来也（死于佩恩，死前留下暗号）、大蛇丸（现寄生在兜身体）、纲手 鹰小队（蛇小队）：宇智波佐助（队长）、鬼灯水月、天秤重吾、香磷（脱离）； 猪鹿蝶：山中亥一、秋道丁座、奈良鹿久；山中井野、奈良鹿丸、秋道丁次（新一代）； 忍刀七人众：水之国雾隐村的精英忍者，前任者分别是桃地再不斩、林檎雨由利、通草野饵人、栗霰串丸、无梨甚八、西瓜山河豚鬼、鬼灯满月；继承者包括干柿鬼鲛、黑锄雷牙、长十郎等人。（除长十郎外已全部死亡） 音忍五人众：君麻吕（与我爱罗和李洛克对战时因病而亡）、鬼童丸（死于宁次）、左近右近（死于牙、勘九郎）、多由也（死于鹿丸、手鞠）、次郎坊（死于秋道丁次）
忍者家族
宇智波一族：原有宇智波带土（前波风水门班成员，卡卡西的队友）、宇智波佐助、宇智波鼬（佐助的哥哥）、宇智波斑、宇智波泉奈（斑之弟）、宇智波富岳（佐助、鼬之父）、宇智波美琴（佐助、鼬之母）、宇智波止水、宇智波镜（曾经与三代火影同一小组），现仅剩宇智波佐助、宇智波斑。 日向一族：日向宁次、日向雏田、日向日差（日足之弟，宁次之父，已死）、日向花火（雏田之妹）、日向日足（雏田、花火之父）。人物专辑之佐助(15张) 油女一族：油女志乃、油女志微（志乃之父）、油女志黑（取根之父）、油女取根（根的成员）、油女牟田（红豆小组的成员）。 山中一族：山中井野、山中亥一（井野之父）、山中风（根的成员）、山中三田（忍者联合军一员）。 奈良一族：奈良鹿丸、奈良鹿久（鹿丸之父）、奈良吉乃（鹿丸之母）、奈良盐水（忍者联合军一员）。 秋道一族：秋道丁次、秋道丁座（丁次之父）、秋道取风（曾经与三代火影同一小组）。 旗木一族：旗木朔茂（卡卡西之父，人称木叶白牙，已死）、旗木卡卡西。 森之千手一族：千手柱间（初代火影）、千手扉间（二代火影，柱间之弟）、千手纲手（五代火影，传说中的三忍之一，柱间的孙女）、千手绳树（纲手之弟）（除纲手外全部阵亡）。 漩涡一族：漩涡鸣人、漩涡玖辛奈（鸣人之母）、波风水门（四代火影，鸣人之父）、漩涡水户（初代九尾人柱力）。 猿飞一族：猿飞日斩（也译作猿飞昼善，三代火影）（死于大蛇丸）、猿飞阿斯玛（木叶丸的叔叔，死于飞段）、猿飞木叶丸（三代火影的孙子）。
其他
妙木山蛤蟆忍村：大蛤蟆仙人（蛤蟆老太爷）、深作仙人、志摩仙人（夫妻）、蛤蟆文太（蛤蟆老大，两仙人的儿子）、蛤蟆健、蛤蟆广、蛤蟆吉（文太的儿子）、蛤蟆龙（文太的儿子）、蛤蟆忠、蛤蟆力、卷轴蛤蟆、妙木山岩宿大蛤蟆、铁臂蛤蟆、蛤蟆寅
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