《神奇宝贝特别篇》故事情节主要是跟随神奇宝贝的Nintendo版游戏（从最初的“红.绿”版开始）进行的。这个漫画最大特点之一，每个主角分别对应任天堂所推出电玩版本。这个代表角色不只是游戏中的登场人物，随着版本增多，这种主角也会越来越多。
故事的每一回标题几乎都是《VS XXX（XXX是某几只神奇宝贝）》（第三、四章的最终决战与第五章除外）。此外，故事虽然是以游戏情节为蓝本，但对于神奇宝贝的对战、世界观以及情节等等却有着一套自己的系统（和动画、电玩的设定有不少出入）。
以上资料来自百科
接下来是我自己看了特别篇后总结出来的（部分来自百科）
第一章（红·绿·蓝篇）(第1~3册)
·主角：小智、小茂、小蓝
·主要神奇宝贝伙伴：妙蛙种子，小火龙，杰尼龟
·年龄：11岁，11岁，11岁
·反派：火箭队
故事情节与动画版完全不同。
首先是小智和小茂不是从小一起长大的劲敌，也不认识大木博士，而且他一开始的神奇宝贝不是皮卡丘，小智是从大木博士那里拿到妙蛙种子和神奇宝贝图鉴后开始旅程的。他在途中遇到了小茂和小蓝，小茂的伙伴是，小蓝的则是杰尼龟。途中小智收服了皮卡丘（算是收服吧）还有其他的神奇宝贝，并且一直在收集徽章，并一路和火箭队对战。最后小智、小茂、小蓝参加了三年一度的神奇宝贝联盟赛。（大木博士也伪装参加了）四人进入了前四强，大木博士和小蓝对战，并揭穿了小蓝偷走杰尼龟的事，还有小蓝是真新镇（也叫纯白镇）的人，因为小时候被凤凰抓走而失踪，但博士没有责怪小蓝，并且给了小蓝神奇宝贝图鉴，承认她是第三个真新镇的训练家。而小智在经过与小茂的激烈战斗后取得冠军，延续神奇宝贝联盟赛的冠军一直是真新镇的训练家的历史(顺便提一下：大木博士以前也是冠军)
第一章大概就是这样，其中与火箭队的纠缠还有很多细节我略了，具体还是自己起看吧
在和火箭队对战期间还出现了急冻鸟，火焰鸟和闪电鸟 之后还有超梦
出现的神兽：急冻鸟，火焰鸟，闪电鸟，超梦
第二章（小黄篇）(第4~7册）
(这个没有游戏)
·主角：小黄、小智、小茂、小蓝
·主要神奇宝贝伙伴：皮卡丘，妙蛙花，喷火龙，水箭龟
·年龄：10岁，13岁，13岁，13岁
·反派：关都四天王
小黄是小智在常磐森林遇到的小女孩，并帮她收服了小拉达
这次的故事是发生在小智取得冠军两年后。小智接到以四天王志霸所署名的挑战书，接受挑战后下落不明，只剩下伤痕累累的皮卡回到大木研究所。 这时小黄出现了，取得大木博士的认可后，带着皮卡踏上寻找小智的旅程。（这时还没有人知道她是女的，而且小黄也长大了一些） 在寻找小智的这段期间内，小黄数次和关都四天王发生战斗。之后小黄遇上了小蓝、正辉、曾为小黄做过特训的小茂以及火箭队三干部。由于目的相同，于是他们决定暂时联手，分成四组，各自和四天王中的一人对战。最终救出小智
出现的神兽：超梦
第三章（金·银·水晶篇）(第8~15册)（15少部分）
（对应游戏：金银版，主角：金/水晶，劲敌：银）
·主角：金、银、水晶、小智、小茂、小蓝、小黄
·主要神奇宝贝伙伴：火球鼠，小锯鳄，菊草叶。妙蛙花，喷火龙，水箭龟，皮卡丘
·年龄：11岁，11岁，11岁，14岁，14岁，12岁
·反派：戴面具的男子及火箭队残党
关都四天王之战过后一年，新的冒险在城都地方展开。
金为了追查从空木研究所偷走小锯鳄及从大木博士那偷走新神奇宝贝图鉴的神秘少年“银”，带着火球鼠等神奇宝贝与好不容易争取回来的新图鉴一起踏上旅程。另一方面，为了收集图鉴的资料，大木博士找来了捕获专家“水晶”。这时水君、雷公、炎帝也从地震后的圆朱市苏醒了。还有一位戴面具的男子一直阻挡在三人面前。其真面目似乎是道馆馆长，为此神奇宝贝协会召集了关都和城都的道馆馆长，打算进行对抗战，并从中找出犯人。至于小智等关都的主角们也因为各自有事而来到了城都地方，和拥有新图鉴的三人会合。戴面具的男子召集火箭队残党、捕捉凤王和洛奇亚，而小蓝也收服了急冻鸟，火焰鸟和闪电鸟与小智，小茂一起对抗凤王和洛奇亚。
并且从这次事件中道出了小蓝和银的故事。两人都是从小就被假面军团抓走，并进行训练，但两人却情同姐弟，最后一起逃出。而假面军团的头目就是戴面具的男子！！
最后在所有人的努力下，打败了戴面具的男子，并且也得知了他痛苦的过去，却也是令人悲伤的。
出现的神兽：凤王，洛奇亚，急冻鸟，火焰鸟，闪电鸟，水君，雷公，炎帝，雪拉比
第四章（红宝石·蓝宝石篇）(第15~22册）（15大部分，22少部分）
（对应游戏：红宝石·蓝宝石·绿宝石版，主角：路比/沙菲雅，劲敌：路比/沙菲雅）
·主角：路比、沙菲雅
·主要神奇宝贝伙伴：水跃鱼，火雉鸡
·年龄：11岁，11岁
·反派：火岩队&水舰队
“戴面具的男子”事件发生后两年，在丰缘地区，一个刚从城都地方（小金市）搬来这的少年“路比”，为了参加这个地方的神奇宝贝华丽大赛，不顾父亲的反对，偷偷离家出走，没想到却因为巧合，遇上了野性化少女“沙菲雅”。 沙菲雅是小田卷博士的女儿，由于沙菲雅是以得到方缘地区所有训练馆徽章为目标，而路比的目标是赢得方缘所有华丽大赛两人因此起了争执，于是并订下了80天的约定，看谁最快在期限内完成目标，以证明自己的实力，就这样，两人踏上了各自的旅程。 同时，丰缘地方的两个神秘集团－火岩队和水舰队也在蠢蠢欲动，他们的目的是要让超古代神奇宝贝－固拉多和盖欧卡复活，好建造自己的理想世界，为此，丰缘地方的道馆馆长紧急召开会议，商讨对策。路比和沙菲雅在旅途期间也不时相遇，并且在二人身上发生了很多的事。最后由于火岩队和水舰队的缘故，固拉多和盖欧卡复活了，并且开始破坏城市，路比和沙菲雅为了打倒固拉多和盖欧卡去进行了艰苦的训练，最后在前往战场前沙菲雅还向路比告白了~~~最后经过大家的同心协力，终于打败了固拉多和盖欧卡，期间路比的爸爸千里操作裂空座前来助阵。
出现的神兽：固拉多，盖欧卡，裂空座，雪拉比（路比抓的）
第五章（火红·叶绿篇）(第22~26册) （22大部分，26少部分）
(这一章也没有对应的游戏)
·主角：小智 小茂 小蓝 小黄 银
·主要神奇宝贝伙伴：妙蛙花，喷火龙，水箭龟，皮卡丘，大力颚
·年龄：16岁，16岁，16岁，14岁，13岁
·反派：火箭队（三兽士、坂木）
超古代神奇宝贝复苏事件半年后，在关东，大木博士收回了小智，小茂和小蓝三人的图鉴。但大木博士却被火箭队抓走了，并且带走了图鉴，留下了录音带要小智他们前往七岛。小蓝即将与父母见面。一个未知敌人的攻击破坏了重逢的喜悦，小蓝的父母被抓走。小智和小茂从企图破坏七岛的火箭队三兽士口中得知，攻击小蓝的神秘敌人是来自宇宙的DNA神奇宝贝代欧奇西斯，而代欧奇西斯本身与来自真新镇的图鉴拥有者互相吸引。三人为了战胜胜敌人向极梅婆婆学习了终极绝招（分别是：水系终极技能水电炮，火系终极技能爆炸燃烧和草系终极技硬化植物），而意外中得知，这是火箭队坂木的阴谋。坂木意图抓住代欧奇西斯，得到全宇宙最大的力量，而借此寻找自己的儿子。而另一个DNA神奇宝贝代超梦出现了，并与小智并肩作战。经过艰苦作战，他们终于救出了大木博士和小蓝的父母，并且得到了新的神奇宝贝图鉴。而另一方面，银正在寻找自己的出身的而来到了常磐市，并遇到了小黄，之后两人一起来到七岛，也加入了战斗。最后他们终于打败了欧奇西斯，而坂木也终于找到了自己失散多年的儿子——银！！正在小智他们高兴之际，火箭队三兽士中的萨奇突然出现，并将小智，小茂，小蓝，小黄和银石化了！！！
出现的神兽：代欧奇西斯，超梦
第六章（绿宝石篇）(第26~29册) （26大部分）
（对应游戏：红宝石·蓝宝石·绿宝石版，主角：路比/沙菲雅，劲敌：路比/沙菲雅）
·主角：米拉特、路比、莎菲雅、水晶、金、银、小智、小茂、小蓝、小黄
·主要神奇宝贝伙伴：没有，巨沼怪，火焰鸡，大菊花，大力颚，火爆兽，妙蛙花，喷火龙，水箭龟，皮卡丘
·年龄：11岁，12岁，12岁，13岁，13岁，13岁，16岁，16岁，16岁，14岁，
·反派：盔甲人（水梧桐）
七之岛骚动约三个月后，被名为对战开拓区的神奇宝贝对战专业区开发完成，正筹备着开幕式。突然有名少年被梦幻神奇宝贝·拉帝亚斯及拉帝欧斯带到那里去。称为米拉特的他，没有携带任何神奇宝贝却热衷于“神奇宝贝对战”，扬言要“称霸”对战开拓区。打算向对战塔提出挑战申请的米拉特，好巧不巧的打断了开幕式。米拉特当然被开拓之脑们训了一顿，但莅临的媒体却以为是开幕式的桥段之一，开拓之脑们为避免混乱，对媒体宣布设施开放的7天，将给予对战开拓区的挑战权，于是米拉特的对战之旅开始了。并打倒了6个开拓之脑
另一方面，几乎同时间“许愿星”在对战开拓区中觉醒，觊觎那股力量的魔爪正悄悄逼近……
（这部分遗忘太多了，所以没有办法说具体点，抱歉啦~~~~）
反正最后小智几人都获救了，并且打赢了水梧桐，而米拉特也拿到了最后的开拓的象征
出现的神兽：拉帝亚斯，拉帝欧斯（好像还有，忘了~~飘过~~~）
第七章（钻石·珍珠篇）(第30~38册)
（对应游戏：钻石·珍珠版，主角：贝立兹/迪亚，劲敌：贝立兹/迪亚）
·主角：迪亚、帕尔、贝立兹
·主要神奇宝贝伙伴：小火猴，草苗龟，波加曼
·年龄：12岁，12岁，12岁
·反派：银河队
这个没什么看，不说了~~~~~~~~~
以下的还没看过，所以更说不出来了~~~~~~~~~
第八章（白金篇）
第九章（金心魂银篇）
·主角：金、银、水晶、
·反派：火箭队四天王
第十章（黑白篇）
参考资料：百度百科