从法律经济学的研究方法来看，法律经济学是以“个人理性”及相应的方法论的个人主义作为其研究方法基础，以经济学的“效率”作为核心衡量标准，以“成本——收益”及最大化方法作为基本分析工具，来进行法律问题研究的。W·赫希曾指出：“尽管并非所有的研究者对法和经济学的研究视角和方法都持有一致的看法，但是，绝大多数的人都认为，新古典主义经济学的分析方法――包括经济理论与计量分析工具――构成了法律和法律制度经济分析的基本特征。”这一点，甚至连法律经济学中的非主流学派的学者也看得十分清楚，R·P·麦乐怡就一针见血地说，“法律的经济分析通过对法律规则（Doctrine）进行成本和收益分析及经济效率分析，使我们可以就法律实施的结果得出结论，并对特定的法律安排的社会价值作出评价”。 法律经济学是以方法论个人主义的假定作为其研究基础的。方法论个人主义的核心思想是：社会理论的研究必须建立在对个人意向和行为研究的基础之上，分析研究对象的基本单元是有理性的个人，并由此假定集体行为是其中个人选择的结果。因此，从法理学的角度来看，法律经济学实质上是研究理性选择行为模式的方法论个人主义法学，或者说，是一种以人的理性全面发展为前提的法学思潮。
由于方法论个人主义同样也是古典经济学研究方法的重要基础，并且在“边际革命”兴起后的新古典主义经济学的发展过程中得到广泛的运用。因此，法律经济学在以方法论个人主义假定作为其研究基础时，同时也就不可避免地借用了与这一方法论相一致的经济学的基本概念和分析方法，例如“效用”、“效率”、“机会成本”等概念，以及“成本—收益分析”、“均衡分析”、“边际分析”等分析方法。罗伯特·考特和托马斯·尤伦在阐述运用微观经济理论的工具来研究法律问题的理由时指出：“法律所创造的规则对不同种类的行为产生隐含的费用，因而这些规则的后果可当作对这些隐含费用的反应加以分析”，据此，“我们认为诸如最大化、均衡和效率之类的经济概念是解释社会，尤其是解释理性的人们对法律规则的反应行为的基本范畴”。 规范研究和实证研究分别是经济理论中规范经济学和实证经济学的最基本的分析方法。规范经济学研究的主要问题是“为什么？”，实证经济学研究的主要问题是 “是什么？”。在法律经济学的规范研究中，其最大的特点就是确立和突出法律的经济分析中的“效率”标准，即研究在一定社会制度中法律的制定和实施的“效率”问题。在一些法律经济学家看来，传统法学研究所强调和重视的是“公平”、“正义”，而这一类概念本身的含义往往是模糊不清的，同时，在非常多的情形下，经济学的分析都可以得出与法律分析相同的结论，所以，可以用“经济效率”去取代“正义”之类的传统法律概念，甚至可以将法律转为经济学。
从具体的效率标准来看，法律经济学在规范研究中所运用的经济效率标准，主要的并不是“帕累托最优”，而是“卡尔多—希克斯补偿原则”意义上的效率标准。按照这一效率标准，在社会的资源配置过程中，如果那些从资源重新配置过程中获得利益的人，只要其所增加的利益足以补偿（并不要求实际实偿）在同一资源重新配置过程中受到损失的人的利益，那么，这种资源配置就是有效率的。法律经济学的规范研究所确立的这种经济效率标准，可以认为是支撑法律经济学理论大厦最重要的“顶梁柱”，也是法律经济学展开实证分析必不可少的前提。
在法律经济学的研究中，实证研究最适合用来分析法律的效果问题，或者说，实证经济学的分析方法最适合于研究法律的“效果评估”问题，包括对法律的效能做定性的研究和定量的分析。法律经济学运用实证研究来分析预测各种可供选择的法律制度安排的效果，目的是为了更好地说明，法律的实际效果与人们对该项法律预期的效果是否一致，或是在多大程度是一致的。实证研究在法律经济学中的运用，不仅促进了法律经济学研究的“模型化”和研究的“精确化”，而且使得法律效果这个在法学中处于十分重要地位的法律分析问题研究取得了极大的进展。
