第1个回答 2010-12-17
001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
258 来自芝加哥的男人（前篇）
259 来自芝加哥的男人（后篇）
277英语教师VS西部名侦探(前篇)
278英语教师VS西部名侦探(后篇)
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（后篇）（邵渊己一郎出场）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484黑色照片的行踪（前篇）
485黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
剧场版：通往天国的倒计时 漆黑的追踪者
第2个回答 2010-12-17
黑暗组织 主线剧情：
1云霄飞车杀人事件
2社长千金绑架事件
5新干线大爆破事件（这个在漫画里犯人就是GIN VODKA
，但TV版改了）
13奇怪的寻人事件（女主就是灰原姐姐）
43江户川柯南被绑事件（一个“惊悚”的玩笑）
54电玩公司杀人事件（龙舌兰）
118浪花连续杀人事件（只有一个底层杀人犯）
128黑暗组织10亿抢劫事件
129来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
130竞技场无差别胁迫事件(前篇)
131竞技场无差别胁迫事件(后篇)（哀对组织情节和自
己情况的透露）
170~171黑暗中的死角（新出医生的父亲被其继母杀害
这里是73老师的大伏笔）
188~193危命的复活（APTX的使用 一个大系列）
222人鱼失踪记(事件篇) （提到哀的本名 有人推测哀
和 长生不老的密药有关 所以可能是伏笔）
226-227格斗游戏的陷阱（朱蒂发现柯南不简单 并开始
称呼其为COOL GUY）
230`231谜一样的乘客（冒牌的新出）
233无法消灭的证据（回忆）
242元太少年的灾难（结尾处提到GIN）
253-254本厅刑事恋爱物语4（新出和赤井）
258-259来自芝加哥的男子（布莱克与朱蒂是“一伙”
赤井告别长发)
266-268情人节的真实（一个黑色针织帽的男人 看看
园子的爱情)
269270犯罪的遗物（有人暗中调查柯南 FBI）
271-272急忙掩饰的忽略（朱蒂的提醒 到了收割苹果
的时候了）
274幽灵屋的真相（只看开头）
277-278英语教师VS西部名侦探
279-280英语教师VS西部名侦探
284-285中华街 雨中的似曾相识
286-288 工藤新一纽约事件
289-290迷惘森林中的光彦（同一个杀人犯 不过不是来
杀人）
307-308无声的证据
309-311与黑暗组织的接触
312-313与黑暗组织的接触
329-329 金钱买不到的友情（注意开头）
338-329 四辆保时捷
340-341厕所里隐藏的秘密
343-344便利店的陷阱
345与黑衣组织正面对决 满月之夜的双重谜案
371沉默的航线（手机按键！）
375星星和香烟的暗号（结尾又是手机按键 鸟取镇）
385-387斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（绝对乐感 号
码）
394奇异屋宇的大冒险（开头）
425黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间
429-430无法归来的二人（本堂登场）
446447无法归来的二人（本堂的监视）
462-466黑暗组织的影子
479和服部平次在一起的3天（柯南的怀疑 开头）
484485黑色照片的去向
491-504红与黑的碰撞
508卡拉OK包房的死角(后篇) （FBI 出了点“问题”）
509红白黄色与侦探团
510 柯南vs双重暗号之谜
511推理对决！新一VS冲矢昴(冲史昂的登场)
563-564 侦探团VS强盗团
到目前就这么多本回答被网友采纳
第3个回答 2010-12-17
001 云霄飞车杀人事件
013 奇怪的寻亲杀人事件
054 电玩公司杀人事件
118 浪花连续杀人事件
128 黑暗组织10亿元抢劫事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）
177 与黑暗组织的再会（柯南篇）
178 与黑暗组织的再会（解决篇）
230 迷一样的乘客（前篇）
231 迷一样的乘客（后篇）
272 急忙掩饰的忽略(后篇)
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）
289 光彦森林迷失记（前篇）（邵渊己一郎出场）
290 光彦森林迷失记（后篇）
307 没有声音的证词（前篇）
308 没有声音的证词（后篇）
309 与黑暗组织接触（交涉篇）
310 与黑暗组织接触（追击篇）
311 与黑暗组织接触（决死篇）
338 四辆保时捷（上）
339 四辆保时捷（下）
340 厕所隐藏的秘密（前篇）
341 厕所隐藏的秘密（后篇）
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重迷案
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 前奏曲
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音 尾奏曲
394 奇妙房屋的大冒险（封印篇）
425 黑色冲击！黑暗组织魔爪伸来的瞬间
427 充满神秘的上学之路（前篇）
428 充满神秘的上学之路（后篇）
462 黑衣组织的影子 年幼的目击者
463 黑衣组织的影子 奇妙的照明
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑衣组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的行踪（前篇）
485 黑色照片的行踪（后篇）
491 红与黑的碰撞 开端
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色凶兆
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色飘摇的目标
第4个回答 2010-12-19
去百度百科看看吧。很详细的。