孔庙大门，两边红墙，上覆黄瓦，门中有六扇大型朱红色木栏，高大的石柱上时有云纹，顶端雕有形象威武的四大天王，正中额书“棂星门”三字。进入第二道圣时门，里面是玉带河，上设三桥。然后过弘道门、大中门、同文门，便是高高的奎文阁。八宿之一的奎星主文章，故名奎文。此阁建于北宋天禧二年(1018)，金章宗明昌二年(1191)重修。阁高23.35米，门面七间，进深七间，屋顶三重檐，雄伟壮观。奎文阁又叫藏书楼，原藏历代帝王对孔子的赐书墨迹。阁下有明代著名诗人、大学士李东阳的《奎文阁赋》和《奎文阁重置书籍记》等碑刻。
奎文阁后是十三御碑亭，然后就是大成门。大成门有五门并置，大成门在中间，左右两边是金声、玉振、永圣、启圣四门。金声指敲击缚钟，为奏乐的开始；玉振指击磐，为奏乐的结束。这里取《孟子·万章》中的“集大成也者，金声而玉振之也”。比喻孔子的学说是集古圣先贤之大成。大成门内有广场，中有杏坛，为纪念孔子讲学而设。《庄子·渔父》中说：“孔子游乎缁帷之林，休坐乎杏坛之上，弟子读书，孔子弦歌鼓琴。”明代隆庆三年(1569)在此建亭，亭方，十字屋脊上覆黄瓦，下有朱栏，一派诗书氛围。
杏坛之北是大成殿，是孔庙的主体建筑，原名文宣王殿，宋崇宁三年(1104)改名。明代弘治十三年(1500)，殿毁于雷火，后来重建；清雍正三年(1724)又毁于雷火，再次重建，直至今。这座建筑仿明代形制，面宽九间，进深五间，高32米，东西长54米，南北深34米，屋顶重檐歇山，上盖黄色琉璃瓦，建筑雕梁画栋，金碧辉煌，宏伟壮丽。殿四周二十八根石柱，高5.7米，前面的十根雕有透空蟠龙，精美无比。
孔庙里的碑刻不但数量多，而且很有文化价值。十三御碑亭内有唐、宋、元、明、清历代石碑共五十三座。其中一座高6米余。亭中御碑下均以大龟作基座，其实这不是龟，叫“A屭”，是神话中之龙子。龙生九子，这是其中之一，喜负重，故置于碑下。