一、所在学校性质不同。
理事会是非营利性民办学校的执行决策机构；董事会是营利性民办学校的执行决策机构。
《中华人民共和国民办教育促进法》第十九条规定，民办学校的举办者可以自主选择设立非营利性或者营利性民办学校。但是,不得设立实施义务教育的营利性民办学校。
二、收益分配不同。
理事会不享有学校收益的分配；董事会以取得办学收益,学校的办学结余依照公司法等有关法律、行政法规的规定处理。
《中华人民共和国民办教育促进法》第十九条规定，非营利性民办学校的举办者不得取得办学收益,学校的办学结余全部用于办学。
营利性民办学校的举办者可以取得办学收益,学校的办学结余依照公司法等有关法律、行政法规的规定处理。
三、登记机关不同。
理事会应当在所在地民政部门登记；董事会应当在所在地工商行政管理机关登记。
《教育类民办非企业单位登记办法》第三条规定，教育类民办非企业单位必须接照《社会力量办学条例》的规定审批设立，由县级以上地方人民政府教育行政部门发给《社会力量办学许可证》后，到同级民政部门进行登记。
《中华人民共和国公司登记管理条例》第八条规定，设区的市（地区）工商行政管理局、县工商行政管理局，以及直辖市的工商行政管理分局、设区的市工商行政管理局的区分局，负责本辖区内下列公司的登记：
（一）本条例第六条和第七条所列公司以外的其他公司；
（二）国家工商行政管理总局和省、自治区、直辖市工商行政管理局授权登记的公司。
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第1个回答 推荐于2017-12-16
《民办教育促进法》当中没有明确表示两者有区别。由于民办学校属于非营利机构（我称其为非驴非马），这其实是中国特色了，因为我国《民法通则》只认定企业和事业两类团体，而民办学校是在民政局注册的“民办非企业单位”，严格上讲是不受当前法律认可的。大家就可以这样理解了：1.企业为“董事会”；2.事业单位（社会团体）为“理事会”。本回答被提问者采纳
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