在口袋妖怪特别篇赤的故事里，主角在宝可梦协会被解散后，一段精彩纷呈的旅程拉开序幕。几个月的时间，主角经历了无数的分支剧情，最终踏上神秘的幻之岛，与命运的转折点——时间管理者米莉相遇。
两个截然不同的时空结局，如同命运的交叉路口，让人心潮澎湃。第一个选择是改变时间线，拯救小粉免于牺牲，但代价却是挚友小蓝、阿义和帅哥的牺牲，以及正宗和盖伦的误入歧途。第二个选项则是忍痛割爱，尽管小粉的命运依旧坎坷，但主角的内心世界因此遭受了巨大的冲击。
然而，无论选择哪个，都无法忽视的是，主角在幻之岛的奇妙际遇。他了解到，旧世界的自己曾通过时间的力量，企图获取联盟冠军，却因此陷入了黑暗。小绿、小黄、小蓝的命运悬而未决，其中小黄成为幸存者，穿越时空出现在常磐市。旧主角被黑暗之神零的力量所诱惑，释放了胡帕、基拉祈和达克莱伊这样的邪神，引发了一场浩劫。
达克莱伊附身于卡莉，但主角在关键时刻说服了它，尽管付出生命的代价，达克莱伊也透露了其他邪神的召唤计划。米莉告知主角，黑暗之神零尚存，留下梦幻影m作为线索，引导主角去幻之岛的塔寻找答案。在塔顶，主角与六贤者的灵魂对话，得知六贤者为了对抗黑暗之神付出了生命的代价。旧主角的贪婪与黑暗欲望，使得世界陷入了危机，主角被赋予了平息灾难的责任，得到了惩罚之壶，和神秘的幻神的力量。
主角在修行与寻找中，遇见了美梦神克雷色利亚，共同对抗黑暗神。在玉虹市与紫苑镇的交界，主角与胡帕的决战决定了一切。凤王的加入，让对抗的力量更加强大。在椪柑岛，主角遇见了基拉祈，经历了一场战斗，也收获了友情与成长。最终，主角得知零被封印在橘子群岛总电脑中，进行了一场决定性的对决，黑暗三邪神与零一同被消灭，人类得以逃脱这场大灾难的威胁。
在椪柑岛的回归，主角以农夫凯和果园主人的请求为新的使命，时拉比的降临和帮助，化解了果园的危机，主角选择留在那里，与新朋友们共同生活，这段经历让他的人生更加丰富多元。
故事的尾声，主角不仅战胜了黑暗，也找到了自我成长与奉献的意义，他的冒险旅程，充满了勇气与坚韧，成为口袋妖怪特别篇赤永恒的传说。
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