水利部直属预算单位的政府采购审计管理规定在第八章中详细列出了责任追究条款。当预算单位出现不当行为时，审计机构会根据违规的严重程度采取相应的措施。
首先，若预算单位有拒绝或拖延提供与采购预算和财务相关资料的行为，审计机构会要求改正并给予通报批评，可能需要退还或追回资金，并建议预算主管部门削减下一年度的采购预算。对于直接负责人和相关责任人，可能给予行政处分或纪律处分。
更严重的是，如编制虚假预算骗取资金，或擅自变更预算导致资金损失浪费，审计机构将对相关责任人进行更严厉的问责。若在采购过程中出现挤占、挪用、转移或虚列支出，导致国有资产流失，也将进行责任追究。
对于干扰、阻挠审计工作的行为，审计机构会向有关部门提交处理建议，对于对审计人员进行打击报复的行为，相关责任人将由所在单位或上级水行政主管部门进行责任追究。
审计机构和审计人员在执行审计任务时，必须严格遵守程序，保持公正、廉洁和保密。任何滥用职权、舞弊或玩忽职守的行为，将由相关单位或上级主管部门根据规定进行责任追究。若构成犯罪，将移交给司法机关进行刑事追责。
《水利部直属预算单位政府采购审计办法》（水审计2006311号）是为了加强部直属预算单位政府采购的审计监督，规范审计行为,保障政府采购活动公开、公平、公正，提高政府采购资金使用效益，加强廉政建设，根据《中华人民共和国政府采购法》、《中央单位政府采购管理实施办法》、《水利部直属预算单位政府采购管理实施办法》及有关规定而制定的办法。