商务局和工商局有区别的。
商务局和工商局两者区别很大，管辖不同事务。工商局主要是市场监管和行政执法等事务，而商务局主要负责全县的招商引资、内外贸易、商贸流通等。
工商行政管理局主要工作职责：
1、负责市场监督管理和行政执法的有关工作，起草有关法律法规草案，制定工商行政管理规章和政策。
2、负责各类企业、农民专业合作社和从事经营活动的单位、个人以及外国（地区）企业常驻代表机构等市场主体的登记注册并监督管理，承担依法查处取缔无照经营的责任。
3、承担依法规范和维护各类市场经营秩序的责任，负责监督管理市场交易行为和网络商品交易及有关服务的行为。
4、承担监督管理流通领域商品质量责任，组织开展有关服务领域消费维权工作，按分工查处假冒伪劣等违法行为，指导消费者咨询、申诉、举报受理、处理和网络体系建设等工作，保护经营者、消费者合法权益。
5、承担查处违法直销和传销案件的责任，依法监督管理直销企业和直销员及其直销活动。
6、负责垄断协议、滥用市场支配地位、滥用行政权力排除限制竞争方面的反垄断执法工作（价格垄断行为除外）。依法查处不正当竞争、商业贿赂、走私贩私等经济违法行为。
7、负责依法监督管理经纪人、经纪机构及经纪活动。
8、依法实施合同行政监督管理，负责管理动产抵押物登记，组织监督管理拍卖行为，负责依法查处合同欺诈等违法行为。
9、指导广告业发展，负责广告活动的监督管理工作。
10、负责商标注册和管理工作，依法保护商标专用权和查处商标侵权行为，处理商标争议事宜，加强驰名商标的认定和保护工作。负责特殊标志、官方标志的登记、备案和保护。
11、组织指导企业、个体工商户、商品交易市场信用分类管理，研究分析并依法发布市场主体登记注册基础信息、商标注册信息等，为政府决策和社会公众提供信息服务。
12、负责个体工商户、私营企业经营行为的服务和监督管理。
13、开展工商行政管理方面的国际合作与交流。
14、领导全国工商行政管理业务工作。
15、承办国务院交办的其他事项。
商务局工作职责 ：
1、贯彻执行对外经济贸易和吸收外资的方针、政策和法律、法规、规章；结合本区实际，会同有关部门研究制定对外贸易、经济合作和吸收外来投资的政策、意见，并组织实施。
2、根据本区国民经济和社会发展总体规划，研究制定本区对外经济贸易的发展计划、实施办法；负责全区招商引资和出口贸易的统计工作，监督、分析全区对外经贸宏观运行情况；负责海外市场开拓和贸易促进工作。
3、拟定全区招商引资的办法并组织实施；建立招商项目库，编制招商计划，组织开展对外招商、谈判等活动，负责外来投资项目的咨询代理。指导乡镇、系统的招商工作。
4、核准国家规定权限以内的外商投资企业的设立；按规定权限审核、核准外商投资项目的合同、章程及其变更；依法监督检查外商投资企业执行有关法律和合同、章程的情况；管理和协调外商投诉工作。
5、按照有关规定，协助企业办理外经贸经营权、生产企业自营权，并对其备案登记；协助上级部门管理出口商品配额和进出口商品许可证，研究和推广国际贸易惯例、通行规则及各种新贸易方式（含电子商务）；依法负责对外反倾销、反补贴及保障措施中有关的事务，指导协调外国对涉及我区出口商品的反倾销应诉；指导出口广告宣传。
6、按照有关规定，负责本区在海外设立贸易机构、企业和常驻办事机构的审查报批工作；负责利用外国政府贷款的申报；指导和管理境外劳务输出。负责来料加工贸易、转口贸易和补偿贸易等贸易业务的指导、协调、审批及管理。
7、负责全区横向联合和经济技术协作的日常事务，会同有关部门组织全区大型经济技术合作活动，推动跨地区、跨部门、跨行业的经济技术联合。
8、归口指导外商投资企业协会、中国贸促会海陵支会（海陵商会）工作，并对其进行管理。
综上所述，工商行政管理局与市场监督管理局的区别在于市场监督管理局由工商局、质监局、药监局、物价局等几个部门合并而成，工商行政管理局是政府主管市场监管和行政执法的工作部门。
【法律依据】：
《工商行政管理机关行政处罚程序规定》第三条
办案人员与当事人有直接利害关系的，应当回避；
第二十条
立案后，办案人员应当及时进行调查，收集、调取证据，并可以依照法律、法规的规定进行检查。首次向案件当事人收集、调取证据的，应当告知其有申请办案人员回避的权利。向有关单位和个人收集、调取证据时，应当告知其有如实提供证据的义务。
第二十一条
办案人员调查案件，不得少于两人。办案人员调查取证时，一般应当着工商行政管理制服，并出示《中华人民共和国工商行政管理行政执法证》。
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