圆明园的毁败始于1860年第二次鸦片战争期间英法联军的大规模纵火抢劫。圆明园被焚后经清室整修,尚有部分建筑幸存。1900年,北京被八国联军攻占,圆明园在混乱中遭到附近驻军和匪民的劫掠,残存建筑大部被毁。清朝灭亡后,圆明园遗址无人看护。残存的石料大多被掠去,残存的建筑和园墙也因人口的大量迁入大多遭到平毁。
第二次鸦片战争期间,英法联军于1860年10月6日攻抵北京德胜门、安定门等处,僧格林沁和瑞麟部士兵纷纷退至圆明园一带,英法联军遂追至圆明园。联军士兵起初尚相劝戒,勿进入园中,恐中国日后以失物索赔,但不久于黄昏间即有数千名法军士兵冲入圆明园,守园的官兵寡不敌众。见法军展开抢劫,英军司令格兰特遂批准英军入园。联军士兵大肆劫掠园中的珍宝和陈设物。根据英国官员事后估算,被掠走的文物珍宝(金银、宝石、绸缎和古玩陈设等)价值达600万英镑之多,因不识其价值或因搬运不便而被毁坏的珍本图书、佛塔、瓷器、家具等价值与此相仿。由于此前清廷谈判代表曾拘捕英国军使巴夏礼一行,并曾将其囚禁于圆明园中,英军在园中发现《泰晤士报》随军记者被肢解的尸体,英军统帅詹姆斯·布鲁斯,第八代额尔金伯爵遂以“对外交人员实施虐待”为由,于10月18日下令放火烧园,以作为对清廷的惩罚。英军第一军团一部于10月18日起在园中各处纵火,同时派出分队焚毁附近的静宜园、静明园、清漪园、畅春园等皇家园林。圆明园大火持续了两天,300多名太监和宫女葬身火海。
法国作家维克多·雨果曾对此给予强烈谴责,称之为“两个强盗的胜利”[1]。圆明园被焚毁的原因,中国官方史学界的说法是英法联军为掩盖其野蛮劫掠而放火灭迹。也有某些人认为是由于清朝长期不遵守西方奉行的外交礼仪,自乾隆年间起,一路对西方各国君主及其使臣蔑视和不平等对待。在此次事件更将英法的谈判人员,悉数关押,导致39人中的26人,被折磨致死。英法联军进入北京后,发现这一状况,出于对清朝皇帝的报复,而采取火烧圆明园的策略。英法联军之所以选择焚烧圆明园主要是因为,皇宫(今天人们称之为故宫)是一国政权的象征,而圆明园是皇帝的私人园林,额尔金伯爵要惩罚当时的皇帝咸丰,是以烧毁圆明园,持此看法的著作有特拉维斯·黑尼斯三世的《鸦片战争》。
圆明园被焚后,尚有部分景点幸存。据同治十二年(1873年)的内务府调查报告,园内幸存建筑有圆明园的廓然大公、紫碧山房、鱼跃鸢飞、耕云堂、慎修思永、知过堂、课农轩、顺木天、春雨轩、杏花春馆、文昌阁、魁星阁、蓬岛瑶台、万方安和十字亭、藏舟坞,长春园的林渊锦镜、海岳开襟,绮春园大宫门、庄严法界、正觉寺等建筑。同治十二年,慈禧太后和同治帝打算择要重修圆明园,计划修复圆明园前朝区、九洲区,以及福海以西以北的少数景点,并将绮春园择要修复,改名“万春园”,作为慈禧太后居所。但该计划终因财力不足而在开工11个月后作罢。此后对园内一些景点仍有小规模维修,慈禧太后和光绪帝曾多次到园中游幸。此时的圆明园除幸存建筑外仍保留有大量的名贵花木、山水叠石、建筑基址,桥梁、道路、园墙和园门大多完好。
1900年,八国联军攻占北京,清庭再次逃亡。在混乱中,圆明园又遭到附近驻军和匪民的趁火打劫。园内残存建筑除新宫门(绮春园宫门)有庄户保护外,全被土匪推倒拆毁,拆卖砖瓦木料。园内的古树名木、木质桥梁以及建筑地基中的木桩,全部被劫运往附近的清河镇出售。
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