一、主要职责不同
航道局主要负责审批与通航有关的拦河、跨河、临河建筑物的通航标准和技术要求，会同有关部门对通航河流进行综合开发和治理，处理水资源综合利用中与航道有关事宜。发布航道通告，实施与航道有关的水文管理。负责有关航道方面利用外资、对外合作与交流工作。
海事局主要负责船舶、海上设施检验行业管理以及船舶适航和船舶技术管理；管理船舶及海上设施法定检验、发证工作；审定船舶检验机构和验船师资质、负责对外国验船组织在华设立代表机构进行监督管理；负责中国籍船舶登记、发证、检查和进出港签证等。
二、直属机构不同
航道利用外资项目管理办公室，负责全省航道系统利用世界银行贷款及其他外资项目的计划、财务(支付)管理、工程管理、环境保护、技术援助和人员培训等工作，组织协调建设项目的评估，承担省航道局涉外融资、技术交流及其他外事活动的有关具体工作。
海事局为交通运输部直属行政机构，实行垂直管理体制。根据法律、法规的授权，海事局负责行使国家水上安全监督和防止船舶污染、船舶及海上设施检验、航海保障管理和行政执法，并履行交通部安全生产等管理职能。
扩展资料：
海事局的相关职能：
1、负责船员、引航员、磁罗经校正员适任资格培训、考试、发证管理。审核和监督管理船员、引航员、磁罗经校正员培训机构资质及其质量体系；负责海员证件的管理工作。
2、负责航海保障工作、管理沿海航标、无线电导航和水上安全通信。管理海区港口航道测绘并组织编印相关航海图书资料，归口管理交通行业测绘工作。承担水上搜寻救助组织、协调和指导的有关工作。
3、组织实施国际海事条约；履行船旗国、港口国及沿岸国监督管理义务，依法维护国家主权。负责有关海事业务国际组织事务和有关国际合作、交流事宜。
4、编制全国海事系统中长期发展规划和有关计划；管理所属单位基本建设、财务、教育、科技、人事、劳动工资、精神文明建设工作；负责船舶港务费、船舶吨税、船舶油污损害赔偿基金等有关管理工作。
5、管理通航秩序、通航环境。负责禁航区、航道（路）、交通管制区、锚地和安全作业区等水域的划定；负责禁航区、航道（路）、交通管制区、锚地和安全作业区等水域的监督管理，维护水上交通秩序；核定船舶靠泊安全条件；核准与通航安全有关的岸线使用和水上水下施工、作业、
参考资料来源：百度百科-广东省航道局
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国海事局