法律分析：1、定点医院不同。
2、报销比例不同，各地情况不一样，一般是区医保报销比例高于市医保。
3、区医保只能是区直单位的职工和档案在区人才代理中心保管且办有区养老统筹的办理，市医保只能是市直单位的职工和档案在市人才代理中心保管且办有市养老统筹的办理。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法,由国务院规定。
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分,由政府给予补贴。
第二十六条 职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。