祈年殿建于1420年，当时取名大祀殿，是一座宽12间、深36间的黄瓦玉陛重檐垂脊的方形大殿。
大祀殿与其说是祭坛，不如说是一座宫殿，后来的嘉靖皇帝旨意拆除，并于1545年在大祀殿原址上建成了三重顶的圆殿，取名为大享殿。殿顶覆盖上青、中黄、下绿三色琉璃，寓意天、地、万物。
1751年，大享殿修缮后，改三色瓦为统一的蓝瓦金顶，定名“祈年殿”，是正月祈谷的专用建筑。
当时祈年殿内有28根金丝楠木大柱，里圈的四根寓意春夏秋冬四季，中间一圈12根寓意12个月，最外一圈12根寓意12时辰以及周天星宿。
1889年，祈年殿不幸被雷电击中而焚烧了。因楹柱为檀香木，而燃烧时香飘数里。
据传，当时北京古建筑材料中有著名的四宝，即祈年殿的沉香木楹柱，太庙前殿正中三间的沉香木梁柱，颐和园佛香阁内铁梨木通天柱，谐趣园中涵远堂内沉香木装修格扇。
后来所看到的祈年殿，是雷击之后重修的，其形状和结构都与原来的一样。
第二年，皇帝召集群臣商量重建祈年殿。因找不到图样，掌管国家建筑事务的工部便把曾经参加过祈所殿修缮事务的工匠们召集来，让他们根据记忆、口述制成图样，再施工建造。因此，后来的祈年殿是清代光绪年间的建筑，但是，基本建筑形式、结构，还保留着明代的样子。
重建的祈年殿是一座直径32.72米的圆形建筑，鎏金宝顶蓝瓦三重檐攒尖顶，层层收进，总高38米。
祈年殿采用的是上殿下屋的构造形式。大殿建于高6米的白石雕栏环绕的三层汉白玉圆台上，即为祈谷坛，颇有拔地擎天之势，壮观恢弘。
祈年殿为砖木结构，三层重檐向上逐层收缩作伞状。建筑独特，无大梁长檩及铁钉，28根楠木巨柱环绕排列，支撑着殿顶的重量。
祈年殿是按照“敬天礼神”的思想设计的，殿为圆形，象征天圆；瓦为蓝色，象征蓝天。殿内柱子的数目，据说也是按照天象建立起来的。
宝顶下的雷公柱则象征皇帝的“一统天下”。祈年殿的藻井是由两层斗栱及一层天花组成，中间为金色龙凤浮雕，结构精巧，富丽华贵。
祈年殿的内部结构比较独特，不用大梁和长檩，仅用楠木柱和枋桷相互衔接支撑屋顶。殿内有楠木柱28根，数目排列切合天象：中央4根龙柱高19.2米、直径1.2米，象征四季，中圈12根金柱象征一年12个月，外层12根巨柱象征一天12个时辰，中层和外层相加象征二十四节气，三层柱总共28根象征二十八宿。
殿内地板的正中是一块圆形大理石，带有天然的龙凤花纹，与殿顶的蟠龙藻井和四周彩绘金描的龙凤和玺图案相互呼应，使整座殿堂显得十分富丽堂皇。
祈年殿这座大殿坐落在面积达5900多平方米的圆形汉白玉台基上，这就是祈谷坛。台基分三层，高6米，每层都有雕花的汉白玉栏杆，气势巍峨。这个台基与大殿是不可分的艺术整体。
从祈年殿的大门往南望去，只见那条笔直的甬道，往南伸去，一路上门廊重重，越远越小，极目无尽，有一种从天上下来的感觉。
祈年殿内，天花板处是精致的“九龙藻井”，龙井柱则是描金彩绘。殿内中央有一块平面圆形大理石，石面上的花纹，是自然形成的龙凤花纹，一条行龙抱着一只凤凰，这便是“龙凤石”，即“龙凤呈祥”。
相传，这块石头上原来只有凤纹，而殿顶藻井内只有雕龙，年长日久，龙、凤有了灵感，金龙常常飞下来找凤石上的凤凰寻欢。
不料有一天正遇见嘉靖皇帝来祭天，在石上跪拜行礼，金龙来不及飞回去，和石上的凤凰一起被嘉靖皇帝压进圆石里面，再也无法出来，从此才变成一深一浅的龙凤石。
祈年殿原来在1889年被焚烧时，这块龙凤石被烈火熏烧了一个昼夜，石块虽未被烧碎，但龙纹被烧成了浅黑色，凤纹被烧得模糊不清了。
祈年殿前有东、西配殿各9间，称东庑和西庑，是收藏配神牌位的库房。在原来明代祭天时，除祭祷皇天上帝外，还要配祭皇族朱氏祖先，以及日、月五星，东、西、南、北、中的五大岳，五小岳的五镇，四海四湖、风云雷雨、山川、太岁、道教等各神祗和历代帝王等。
祈谷坛东南角设燔柴炉、瘗坎、燎炉和具服台。坛北有皇干殿，面阔五间，原先放置祖先神牌，后来牌位移至太庙。
坛边还有祈年门、神库、神厨、宰牲亭、走牲路和长廊等附属建筑。长廊南面的广场上有七星石，是嘉靖年间放置的镇石。
尽管祈年殿已历经350年，但殿宇不斜，木架不朽，巍然屹立，真可谓中华民族的骄傲，世界建筑史上杰出的工程！
雄伟壮观的祈年殿