水政监察工作章程的第二章详述了水政监察队伍的组织架构。
根据规定，省级人民政府的水行政管理部门会设立水政监察总队，而地市级则设有水政监察支队，县一级则设水政监察大队。对于直属水利部的流域管理机构，如长江、黄河等，根据实际需要，他们也会设置相应的水政监察队伍，包括总队、支队和大队。
水政监察队伍的设置不仅遵循法律法规要求，还根据工作需要，省、市、县各级内部机构会根据水土保持、水资源管理、河道监理等职能自定内部结构，如支队、大队或中队。
各级水政监察队伍的成立需经同级人民政府水行政主管部门报编制主管部门批准，流域管理机构的队伍则由水利部或其下属机构批准成立。在水利工程管理单位，执法需求下，水行政主管部门也会设立派驻的水政监察队伍。
水政监察队伍的核心职责主要包括：一是普及和执行《水法》、《水土保持法》、《防洪法》等法律法规；二是保护水资源及相关设施，维护水事秩序，对违规行为实施行政处罚；三是协同公安和司法部门处理水事治安和刑事案件；四是指导和监督下级队伍；五是受委托办理行政许可和规费征收等事务。
法制工作机构负责对同级水政监察队伍进行管理，其主要负责人通常由同级水行政执法机关的法制工作机构负责人担任。
《水政监察工作章程》，特为贯彻《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国防洪法》等法律法规，加强水行政执法队伍建设和管理，强化水行政执法而制定。该章程共五章、二十六条（含附则），自发布之日起施行，1990年8月15日发布的水利部令第1号《水政监察组织暨工作章程（试行）》同时废止。