法律分析：1、产籍资料不健全。在为这些房屋办理换证、补证等手续时一并健全产籍资料；申请转移登记前需先换证，补全产籍资料。
2、房地权利主体不一致的。根据房地产管理法的规定，房地权利主体必须一致，如果要求产权人将土地使用证重新变更到原房屋所有权人名下，再为其换证，势必造成社会的不稳定，浪费申请人的人力、物力，又增加土地部门的工作量。如果直接过户，房屋的产籍资料又不健全。在这种情况下，提交现土地使用权人的土地使用证可为原产权人换证，并在登记簿备注栏及土地使用证复印件上注记土地使用权人已登记到﹡﹡﹡名下，原产权人领证后，随即和下手产权人共同申请转移登记。这样，既保证了房地权利主体的一致，又健全了房屋的产籍资料，方便了群众。
3、房屋所有权人的姓名填写有误的。如果户口簿有记载，提交户口簿即可；更多情况是户口簿无记载，如果是同音字，可由村民委员会出具证明；如果是乳名、曾用名，可由村民委员会和二个与产权人无利害关系的村民，最好是当时的登记工作人员出具证明，受理后，在集体经济组织内公告，经公告无异议即可登记发证。
4、房屋用地面积超出土地使用证所载面积的。按照不同的历史阶段对超面积的宅基地进行确权登记发证。
法律依据：国土资源部、中央农村工作领导小组办公室、财政部、农业部《关于农村集体土地确权登记发证的若干意见》 第七条 按照不同的历史阶段对超面积的宅基地进行确权登记发证。