区别：
1、句型不同
who are you属简单句中的特殊疑问句。
who you are属从句，常常用于宾语从句。who是连接词，后面跟主语+谓语的陈述句。
2、用法不同
Who are you用于简单对话时向对方发出疑问，翻译是你是谁。
who you are作为从句时候对倒装结构进行的调整。
Who are you例句
1、'Who are you?' he enquired of the first man
“你是谁？”他问第一个人。
2、Who are you and whither are you bound?
你是谁？要去哪里？
who you are例句
1、The difference between who you are and who you want to be, is what you do.
你是谁和你想成为谁的区别在于你做了什么。
2、A good birth depends not so much on who you are but where you are and how much you know.
好的出身与其说是取决于你的身份，还不如说是取决于你的生活环境和知识水平。
扩展资料：
特殊疑问句有两种语序：
1、如疑问词作主语或主语的定语，即对主语或主语的定语提问，其语序是陈述句语序
Whose bike is broken？谁的自行车坏了？
2、如疑问词作其他成分，即对其他成分提问，其语序是：特殊疑问词+一般疑问句【特殊疑问词+be/助动词/情态动词+主语+谓语】
What does she like?What class are you in﹖Where are you from？
她喜欢什么？你在哪个班？你来自哪里？
宾语从句
1、宾语从句可以作及物动词、介词及形容词的宾语。
2、宾语从句的语序一律用陈述句语序。
3、连接词that引导宾语从句在句中无词义，不充当句子成分，多数情况下可以省略。
4、whether 和 if 都可引导宾语从句，但 whether后可紧跟or not；whether从句可作介词的宾语。
5、如果从句太长，可以用形式宾语it.
6、补充：宾语从句在句子中起宾语作用的从句叫做宾语从句。
而who you are 作为一个句子按照英语的语法来说是错误的,没这个语序,
但比如：tell me who you are .告诉我你是谁,这个句子中就可以用who you are .
是基本的书面用语,语法\句式各处都很完整规范.书面的\官方的\平淡的问句.
who you are.
则一般常见口语中.其实这是一个相当简写的从句.
例如:I don't know who you are.我不晓得你是谁.
因为口语化的句子用法比较犀利,往往一针见血,省略修饰和铺设.
这样就演化出了从句直用的句子.去掉 I don't know 而直接问对方 Who you are.本回答被提问者采纳
你是谁
后者的话如果who 前面没有其他单词是不对的
只有像这样I don't care who you are 这样才是对的
也就是说who you are 只能做从句部分，前面要有主句