溶组织内阿米巴滋养体具有侵入结肠和其他器官、适应宿主的免疫反应和表达致病因子的能力，这些致病因子破坏细胞外间质，接触依赖性溶解宿主组织，抵抗补体的溶解作用，这便是溶组织内阿米巴致病的要点。这些毒力因子的转录水平是调节其致病性潜能的重要机理。
影响着溶组织内阿米巴的致病性因素中，有三种致病因子已在分子水平广泛研究和阐明：即260kDa半乳糖/乙酰氨基半乳糖凝集素（Gal/GalNAC lectin）介导吸附于宿主细胞；阿米巴穿孔素（amoeba pores）在宿主细胞形成孔状破坏；半胱氨酸蛋白酶则溶解宿主组织。
260kDa凝集素介导滋养体吸附于宿主结肠糖蛋白、结肠上皮、宿主中性粒细胞和红细胞等表面。同时凝集素在吸附后还具有重要的溶细胞作用。这样便使虫体在穿入肠粘膜后，侵犯宿主组织。这种异种二聚体凝集素还参与细胞信号转导作用。阿米巴穿孔素是一组包含在滋养体胞质颗粒中的小分子蛋白家族。滋养体在与靶细胞接触时或侵入组织时可注入穿孔素，使靶细胞形成离子通道。在培养基中的滋养体并不分泌穿孔素。多胱氨酸蛋白酶是虫体最丰富的蛋白酶，分子量约30kDa，属于木瓜蛋白酶的大家族，可使靶细胞溶解，或降解补体C3为C3a，而抵抗补体介导的抗炎反应。另外，当虫体侵入结肠或经血流播散时，虫体则接触到机体的补体系统，而使虫体产生抗补体作用，有人认为260kDa凝集素亦与此作用有关。
总之，这些因子与致病性有关，它们又受基因控制。溶组织内阿米巴的基因在许多方面与其他的真核细胞和其他原虫不同。迪斯帕内阿米巴虽有编码这些因子的基因，但其基因产物的活性相当低。通过对这些因子的研究也许可以解释致病性与非致病性；也许可帮助发现新的化疗药物、帮助开创出新的特异性的诊断方法及疫苗。
溶组织内阿米巴不同的分离株在其毒性特征方面具很大可变性。滋养体的毒力也受到外部因素的影响，例如某些细菌的作用，实验性地通过动物内脏；培养基中含胆固醇等等，这些环境因素起到了调节致病性作用，在基因的表达水平控制着虫体的致病性。某些革蓝氏阴性菌可以增强滋养体的毒力，例如产气荚膜杆菌等可以明显增强实验动物感染率和病变程度，附有细菌的滋养体可凭着细菌甘露糖结合凝集素或阿米巴半乳糖/乙酰氨酸半乳糖凝集素以增强阿米巴介导的对宿主细胞的溶解作用。
破坏胞外间质和溶解宿主组织是虫体侵入的重要模式。同时，虫体侵入组织需适应有氧环境和抵抗补体的作用。吞噬细菌和红细胞，对血红素分解作用为其在宿主体内生存的重要潜能。虫体亦具有快速接触杀伤巨噬细胞、T细胞和中性粒细胞作用。
宿主对阿米巴侵入的反应主要是细胞和体液免疫。虽然自然防御系统可阻止阿米巴的侵入，但是获得性免疫则起重要的防御作用并具抗再感染作用。抗体特异性的T细胞或细胞因子g-干扰素等则可活化巨噬细胞，起抗阿米巴的主要作用。由于抗阿米巴抗体虽可结合在虫体表面，但可以被降解或由于膜的流动而被移走或摄入胞内，可能通过凝集滋养体起抗感染或控制感染的辅助作用。所以候选疫苗需具B和T细胞的结合表位，和激活巨噬细胞活性。
阿米巴肝损害时在宿主和虫体之间发生了复杂的相互作用。在活动性感染时，虫体可调节T细胞和巨噬细胞的反应性，尤其是肝阿米巴的急性期，机体处于免疫机制的过渡期，利于虫体存活。所以，阿米巴肝脓肿与巨噬细胞效应分子和T细胞数目等虫体调节因素有关。所以解决阿米巴的免疫调节效应是抑制感染的关键。 肠阿米巴病多发于盲肠或阑尾，易累及乙状结肠和升结肠，偶及回肠。典型的病损是口小基底大的烧瓶样溃疡，一般仅累及粘膜层，溃疡间的粘膜正常或稍有充血水肿，除重症外原发病灶仅局限于粘膜层。镜下可见组织坏死伴少量的炎症细胞，以淋巴细胞和浆细胞浸润为主，由于滋养体可溶解中性粒细胞，故中性粒细胞极少见。急性病例滋养体可突破粘膜肌层，引起液化坏死灶，形成溃疡可深及肌层，并可与邻近的溃疡融合，引起大片粘膜脱落。阿米巴肿是结肠粘膜对阿米巴刺激的增生反应，主要是组织肉芽肿伴慢性炎症和纤维化，虽仅1~5%病人伴有阿米巴肿，但需重视与其他的肿瘤进行鉴别诊断。
肠外阿米巴病往往呈无菌性，液化性坏死，周围浸润以淋巴细胞为主，几乎极少伴有中性粒细胞。滋养体多在脓肿的边缘。以肝脓肿最常见，早期病变以滋养体侵入肝内小血管引起栓塞开始，继而出现急性炎症反应，以后病灶扩大，中央液化，淋巴细胞浸润，最终纤维化。脓肿大小不一，有的似小儿头颅大小，脓液则由坏死变性的肝细胞、红细胞、胆汁、脂肪滴、组织残渣组成。 阿米巴病的潜伏期2天至26天不等，以2周多见。起病突然或隐匿，可呈暴发性或迁延性，可分成肠阿米巴病、肠外阿米巴病。
肠阿米巴病（intestine amoebiasis） 包括无症状带包囊者和阿米巴病性结肠炎。目前无症状携带者增多，甚至在流行区也有这种趋势。无症状带包囊者往往在数月后自愈。在无症状者中90%为迪斯帕内阿米巴感染。在患有AIDS患者中亦有迪斯帕内阿米巴感染的无症状者。但是有极少数感染有溶组织内阿米巴而无症状。他们可以排出包囊，成为严峻的公共卫生问题。有报告记载，这些携有溶组织内阿米巴包囊的感染者往往在一年内出现肠炎性症状。
阿米巴性结肠炎（amoebic colitis） 其临床过程可分急性或慢性。急性阿米巴病的临床症状从轻度、间歇性腹泻到暴发性、致死性的痢疾不等。典型的阿米巴痢疾常有稀便，伴奇臭和带血，亦有局限性腹痛、不适、胃肠胀气、里急后重、厌食、恶心呕吐等。急性暴发性痢疾，则是严重和致命性的肠阿米巴病，常为儿科的疾病。从急性型可突然发展成急性暴发型。病人有大量的粘液血便、发烧、低血压、广泛性腹痛、强烈而持续的里急后重、恶心呕吐和腹水。60%病人可发展成肠穿孔，亦可发展成肠外阿米巴病。慢性阿米巴病则为长期有间歇性腹泻、腹痛、胃肠胀气和体重下降，可持续一年以上，甚至5年之久。亦有些病人出现阿米巴肿（amebama）或团块状损害而无症状。在肠钡餐透视时酷似肿瘤，病理活检或血清阿米巴抗体阳性可鉴别诊断。
阿米巴性结肠炎最严重的并发症是肠穿孔和继发性细菌性腹膜炎，呈急性或亚急性过程。极少数患者因不适当应用肾上腺皮质激素治疗而并发中毒性巨结肠。
肠外阿米巴病（Extraintestinal amebisis） 以阿米巴性肝脓肿（amebic liver abscess）最常见。全部肠阿米巴病例的10%患者伴发肝脓肿。肝脓肿播散主要是滋养体侵入门静脉系统，由于有抵抗补体的溶解作用，可到达肝脏溶解炎症细胞和肝细胞，使脓肿迅速扩大，充满坏死物、组织碎片，滋养体主要在脓肿边缘。多见于年轻患者，累及肝右叶居多。临床症状有右上腹痛，向右肩放射；发烧、寒战、盗汗、厌食和体重下降。约10%的患者有最近腹泻和痢疾史。50%病人可在粪中检出虫体，58%肝脓肿病人结肠镜检查可见病灶。肝超声检查、CT和核磁共振检查均有助于诊断，若患者无高滴度的抗阿米巴抗体则无病因诊断意义。肝穿刺可见“鱼子酱”状或“巧克力”状脓液，可检出滋养体。肝脓肿可破裂入胸腔（10%~20%），破入腹腔（2%~7%），少数情况下破入心包，而肝脓肿破入心包往往是致死性的。
多发性肺阿米巴病，常多发于右下叶，继发于肝脓肿，主要有胸痛、发烧、咳嗽和咳“巧克力酱”样的痰。X线检查可见渗出、实变或脓肿形成、积脓，甚至肺支气管瘘管。若脓肿破入胸腔或气管，引流配合药物治疗十分关键，但死亡率仍近15~30%。
约1.2~2.5%的病人可出现脑脓肿，而94%脑脓肿患者合并有肝脓肿，往往是在中枢皮质的单一脓肿。临床症状有头痛、呕吐、眩晕、精神异常等。45%病人可发展成脑膜脑炎。
皮肤阿米巴病常由直肠病灶播散到会阴部引起的，亦发生在胸腹部瘘管周围。会阴部损害则会散布到阴茎、阴道甚至子宫。
