经原国家教委批准，吉林大学在1979年创办了全国第一个环境学专业，1980年开始招收本科生，1986年获得硕士学位授予权，1994年首批招收博士研究生，2003年获得环境科学与工程一级学科博士授予权，并被批准建立环境科学与工程一级学科博士后流动站 。
环境科学系现有教师19人（具有博士学位的教师16人，占教师总数的84%），其中教授7人，副教授7人，讲师5人。在校博士研究生38人，硕士研究生104人，本科生260人。每年还接纳来自国内外的进修人员、留学生和访问学者多人。
该专业在环境化学和环境规划与评价2个方向特色明显，在国内同类学科中具有较重要的影响。主要科研方向包括环境化学、环境污染控制理论与技术、环境污染分析测试技术、环境规划与评价、生态与环境系统数字化管理、生态与环境系统工程、环境生物技术、资源价值核算等。承担并完成了100多项国家及省部级科研项目、国际合作研究项目、为地方经济建设和社会发展服务的横向项目，取得了一批高水平的科研成果和实用技术。
环境科学系现有教学与科研实验室建筑面积2000多平方米，设有环境化学、环境监测、环境污染控制技术、环境微生物学、生态学、环境信息系统等实验室。
环境科学系十分重视国际合作与交流，一直保持着与国外许多大学和科研机构的学术交流及合作研究。邀请著名学者和教授来校讲学，积极选派教师出国访问、讲学、进修或参加国际会议，促进全系教学和科研的发展。 环境工程专业于1992年开始招收本科生，1996年获得硕士学位授予权，2003年获得环境工程博士学位授予,并被批准建立环境科学与工程一级学科博士后流动站。
建系十多年来，已经为国家培养了大量本科生、硕士研究生、工程硕士研究生和博士研究生等高层次专业人才。在校本科生近265人，硕士研究生约76人，工程硕士研究生35人，博士研究生约28人。硕士研究生和博士研究生的比例在不断加大。本着多层次多渠道的人才培养方针，还招收工程硕士研究生，并还接纳来自国内外各单位的进修人员和访问学者。
吉林大学环境工程系由原吉林大学环境工程系和长春科技大学环境工程系合并而成。全系共有教职工14人，其中教授5人，副教授4人，中级职称5人，其中50岁以下教师均具有博士学位及在职攻读博士学位。。
该专业的主要科研领域包括水污染治理理论及技术、固体废物处理及处置、环境生物技术等。承担并完成了多项国家科技攻关项目、国家自然科学基金项目、国际合作研究课题以及横向课题。取得了一批高水平的科研成果和实用技术，并获多项国家和省部级奖励。
现有教学与科研实验室建筑面积1500多平方米。设有环境化学、环境监测、给水处理、污水处理、地下水污染控制模拟、环境生物技术、固体弃物处理及处置、膜分离技术、大气污染控制等实验室。具有良好的试验研究条件和先进的分析测试仪器及手段。此外，日处理10吨污水的三沟氧化沟中试基地常年面相各层次学生开放。
多年来，环境工程系一直保持着与国内外许多大学、公司和科研机构的学术交流及合作研究。并积极组织多种国际学术会议，邀请著名学者和教授来校讲学，选派教师出国访问、讲学、进修或参加国际会议，促进了全系教学和科研的发展。 历史背景：水文水资源系创建于1952年，其前身为水文地质教研室，包括普通水文地质教研室、专门水文地质教研室、地下水动力学教研室、水文地球化学教研室、水文地质学研究室、水文地质实验室等。1997年学科调整，形成水文学及水资源学科，相应的机构调整为水文水源系,一直沿用至今.
专业设置：本科学士学位点2个，硕士学位点2个，博士学位点1个。
学士点：水文与水资源工程专业，地下水科学与工程（原勘察技术与工程专业水文地质与环境地质方向）；
硕士点：水文学及水资源（1980年）、水利水电工程（2002年）
博士点：水文学及水资源（1990年）
机构设置：该系设有陆地水文与水文地质学基础、水文分析计算与地下下水动力学、水化学与水文地球化学、水资源勘察技术与专门水文地质学等专业教研室，还设有水资源基础实验室（包括水岩实验室、水力学实验室、水分析化学实验室，2002年一次性通过教育部双基实验室评估）和水资源专业实验室（含环境同位素实验室）。
重点实验室：该专业拥有原国土资源部唯一的“水资源评价与管理系列模型”重点开放研究实验室。
师资队伍：本系拥有教授6名，副教授5人，讲师及工程师5人，助教1人。其中中科院院士1人、博士生导师4人。现任学科带头人中科院院士林学钰教授，是国际水文地质学家协会（IAH）会员、国际水文科学协会（IAHS）委员、国际岩溶水文地质学会副理事长、中国地质学会水文地质专业委员会副主任、我国地下水资源管理科学的主要开创者。
学科优势与特色：本学科以研究地下水资源为其优势与特色。多年来，在
林学钰院士的带领下，在地下水的基本理论、地下水寻找与开发利用、水资源的模拟计算与科学管理等方面逐渐形成了自己的特色。20世纪80年代初就率先引进并开发了地下水管理系列模型和溶质运移模型。
