自性和本性在佛学意义上没有区别，实际上指的都是一个概念。
自性，是
佛教典籍中经常出现的一个重要概念，佛教中各个派别都讲自性，但赋予的内涵不一样。早期佛教中的自性，是本质的含义。再后来还有自性的空有之争。比如，
《大智度论》卷四六说：“自性有二种：一者，如世间法（中）地坚性等；二者，圣人（所）知如、法性[界]、实际”。
现在人们一般讲的自性是
禅宗主张的概念，禅宗的特点是“直指人心，见性成佛。”“心”为我人现前一念之妄心；“性”是生起心的相本，是心的本原。在禅宗的语境中，本来面目、本性、佛性、自性等都是一个意思。
本性这个词在佛教典籍中出现的比较晚，早期的佛教典籍中不使用“本性”这个词。这个现象也说明，“本性”在佛教理论体系中，不是区别于“自性”的一个独立概念。