你这个问题我也遇到过，因为我要做NORTHERN BLOT，所以前几个月一直摸方法。我的方法不和分子
科隆上的完全一样，但肯定能得到很好的电泳图（我用手工提RNA）。我开始时跑胶后基本什么都没有，连降解都没看见，应该和你的情况一样吧，呵呵！以下是我的PROTOCOL，你可以试试，我的电泳图就很漂亮，可惜我不会上传图！我觉得你用EB染应该没有问题，但你那方法我没有试过，你可以直接加在胶里啊！至于甲醛只要是新的没有必要去离子化，但是如果甲醛PH低于4的话，那就要处理一下，或换新的。
方法：
1．配制5X甲醛
凝胶电泳缓冲液：
5X甲醛凝胶电泳缓冲液
0.1mol/L MOPS(PH7.0)
40mmol/L
乙酸钠5mmol/L EDTA(ph8.0)
将20.6g 丙磺酸（MOPS）溶于800ml 经用处理DEPC的50mmol/L的乙酸钠溶液。用2mol /L
氢氧化钠将溶液的ph调至7.0，加10ml经用DEPC处理的0.5mol/LEDTA（ph8.0），再加经用DEPC处理的水至溶液总体积为1L。上述溶液经用0.2umol微孔虑膜过滤除菌，比光保存于室温。光照或高压后溶液逐渐变黄，淡黄色的缓冲液可以正常使用，而深黄色缓冲液则不然。
DEPC有致癌之嫌，须小心操作！
2．制备凝胶：适量
琼脂糖溶于1X甲醛电泳缓冲液（Ph6.9～7.0），至终浓度1％。
微波炉溶解琼脂糖，然后冷却至50～60℃。将37％
甲醛溶液（12.33mol/L）加入凝胶溶液，至终浓度0.32mol/L，加两滴EB（制胶盘约30ml），混匀倒入制胶盘中，插好梳子，让凝胶凝固1h后用。
3．在EP管中，将RNA样品（用高压灭菌水适当稀释）与等体积的加养缓冲液混合，总体机约为加养孔体积的80％。
甲醛凝胶加样缓冲液：
甲酰胺 0.75ml
5x甲醛凝胶加样缓冲液 0.30ml
甲醛 0.24ml
甘油 0.15ml
1.2
溴酚蓝 0.05ml
置-20℃保存。
4．将样品置沸水浴2～4分钟，然后置冰上冷却2分钟，使RNA变性，1200r/min离心5秒，使液体全部沉积在EP管底。
5．加样前将凝胶预电泳5分钟，电压降为5V/cm, 然后将样品加至凝胶加样孔。用已知大小的RNA作为分子量标准参照物，如：18S和28SrRNA
6．将凝胶浸入1X甲醛凝胶电泳缓冲液中，3－4V/cm电压降进行电泳。电泳缓冲液不需进行持续循环，电泳1－2小时后收集并混合两个液槽的缓冲液。
（我配30ml胶大概加甲醛700ul左右，比分子克隆上少得多，但电泳以及转膜的效果都还可以）