在我们的社会主义初级阶段市场经济体系中，按生产要素分配的理论依据主要源于生产要素所有权和市场经济的内在规律。
首先，生产要素的所有权决定了其所有者对收益的权利。土地、资本、技术等生产要素作为稀缺资源，其所有权具有排他性和独占性，使得要素间的转移必须有偿。马克思强调，生产条件的分配决定了消费资料的分配，其中所有制关系起决定作用。所有权不仅直接决定生产资料的占有、使用和收益，也是收益权的基础。因此，承认生产要素的收益分配是其所有权经济实现的必要手段。
在市场经济环境下，各种生产要素归属不同主体，为保证生产正常运行，必须激励要素所有者投入。单一的按劳分配方式难以调动要素积极性，导致人才和技术流失。承认并根据贡献给予要素所有者报酬，可以充分利用闲置资源，吸引外部先进要素，促进生产力提升。
其次，按生产要素分配是市场经济内在的客观需求。市场经济通过价格机制配置资源，生产要素作为商品进入市场，其价格波动反映了资源的有效配置。这种过程中，要素所有者根据市场价格获得报酬，自然而然地形成了按生产要素分配的机制。这推动了生产经营者优化要素使用，提高效率，有利于经济从粗放型向集约型转变，实现可持续发展。
尽管按生产要素分配在十五大后才正式确立，但其影响早已在非公有制经济兴起和中国经济快速发展中显现，发挥了重要作用。这种分配方式不仅促进了资源的优化配置，也推动了生产力的深化发展。
所谓按生产要素分配是指生产要素所有者凭借要素所有权，从生产要素使用者那里获得报酬的经济行为。它包括三层含义：(1)参与分配的主体是要素所有者，依据是要素所有权；(2)分配的客体是各种生产要素共同作用创造出来的价值；(3)分配的衡量标准，这涉及到按生产要素的质量、数量还是贡献大小进行分配。因此，按生产要素分配的内在依据是生产要素的所有权，其直接表现和标准是生产要素的数量和质量以及生产要素贡献的大小。