处理摩托车违章的流程如下：
第一步：准备材料
如果是电子眼抓拍的违章，仅需考虑考取驾照；如果是超速，需要准备行驶证和驾驶证的复印件各一份；如收到纸质罚单，记得带上处罚决定书和行驶证。
第二步：核实违章
携带齐全的材料前往车管所，检查是否存在违章记录，查看违章照片，并填写确认函以进一步确认。
第三步：缴纳罚款
拿到确认函后，前往车管所设立的银行缴纳罚款。可以选择在指定银行的任意一家支行办理，也可以在自动取款机上完成。罚款的处理根据交通法规，有警告、罚款、吊扣驾驶证、拘留等不同种类。一般情况下，轻微违章由警察按照简易程序当场处理，50元以上罚款；较严重的违章则由公安机关交通巡逻部门按照一般程序处理，涉及吊扣驾驶证6个月以上或吊销驾驶证的，需由地、市或相当级别的部门审批；涉及行政拘留的处罚，由县级或市级公安局、分局依法作出决定。
总之，摩托车违章处理需按部就班，严格遵守交通管理法律法规，以避免不必要的处罚。每个环节都不能忽视，确保程序合规，维护自身权益。