秦末，起义军周文部攻破函谷关后，惊慌失措的秦二世才觉得事态严重，遂召开廷议研究扑灭起义军的军事部署，之后根据战争形势的发展变化，又陆续采取了一些军事措施。纵观秦政府在战争中的军事战略部署并无大的失误，秦军也曾一直打的顺风顺水，但秦军主力却最终在巨鹿之战丧失无遗，从而敲响了秦王朝的丧钟。
秦国政府在秦末农民战争中大致走了这样几步棋：
第一步：武装数十万刑徒和奴产子迎击周文率领的农民起义军。因为周文率大军屯居在距秦都咸阳仅有百里的戏（陕西临潼境内），随时都有可能进攻咸阳，朝廷已来不及调遣兵力和征发兵役，只得采纳少府章邯的建议：“盗已至，众强，今发近县不及矣！骊山多徒，请赦之，授兵以击之。” 于是，二世大赦天下，令章邯率数十万武装起来的刑徒和“奴产子”向周文的农民起义军发起攻击。章邯坚韧顽强，有勇有谋，曾在秦灭韩灭赵的战争中立有战功，受赏升迁，官至负责秦宫廷事务的大臣少府，此时正在主持骊山陵园的收尾工程。这是仓促应变之策，情况紧急，只能如此。
第二步：动用拱卫京师的部队配合章邯军攻击进逼咸阳的起义军。章邯军虽然人数众多，但毕竟是没有作战经验的刑徒和奴产子，为了赢得胜利，秦政府决定动用拱卫京师的精锐部队参战。这对周文军是不利的。而恰在两军即将决战之际，反秦队伍内部又发生分裂，或自立为王，或拥兵自重，或拒绝执行命令，使农民起义军遭到极大损失。在这种情况下，孤军深入、后无援军的周文军就更无胜利可言。周文自言习兵，但只曾在项燕的军中当过一名占卜吉凶的小官——视日，并无丰富的统兵作战经验，数十万起义军也非训练有素，故在章邯军和朝廷禁卫部队的疯狂反扑下，节节败退。先退守曹阳，坚持两三个月，又退至渑池奋战十余日，最后，周文自杀，“军遂不战”。
第三步：命令王离军团东渡黄河，与章邯军形成南北两线作战的军事战略部署。在章邯率军向农民军反扑的过程中，秦政府又调回戍守北部边境的长城军团，在王离率领下，由上郡直接东渡，经太原至井陉，后深入赵地，当时被称为“河北军”，打击黄河以北的起义军。
王离军究竟有多少兵力？《史记。匈奴列传》说：秦末农民大起义，中原混乱，“诸秦所徒适戍边者皆复去”，王离军东渡时还需留一部分兵力戍守长城。因此，王离军东渡时不会还有三十万人，根据巨鹿之战时军事力量的对比、战争激烈程度等情况推测，王离军大约有十几万人，至多二十万人左右。
朝廷令王离军东渡的用意：一是迎击和剿灭黄河以北的起义军；二是与黄河以南的章邯军相互策应。其军事战略安排并无不妥。
第四步：为章邯军补充兵员，确保秦军击败项梁率领的起义军主力。在秦军的全面反击下，起义军内部再度分裂，吴广被杀，进军北方的诸路起义军又割据自保，甚至互相残杀，而南路军也无力回援。如此，周文、吴广两路大军均被击败，起义军的中心陈县就显得兵力十分淡薄。十二月，农民军根据地失陷，陈胜被车夫庄贾杀害，起义形势陷入低潮。
陈胜、吴广身亡兵败后，项梁和项羽率八千江东子弟渡江西向攻秦，在沿途又合并几路义军，使其拥有七万之众，成为起义军主力。
秦二世二年七月，项梁在东阿击败章邯军，之后又占据东方重镇定陶。为了击败起义军，攻克定陶，朝廷派长史司马欣、都尉董翳率领由关中卒和新征发的秦人组成的秦军驰援章邯。连续的胜利，使项梁开始骄傲轻敌，秦军趁机夜袭定陶，结果义军大败，项梁被杀，定陶失陷。
第五步：王离军与章邯军会师巨鹿，平定赵地起义军。章邯军击杀项梁，夺取定陶后，朝廷和章邯也开始轻敌，认为楚地兵不足忧，朝廷遂令章邯领兵与王离军会合，歼灭河北起义军。
王离由上郡直接东渡，经太原至井陉。在井陉击退李良的赵军后，而继续东进恒山、邯郸、巨鹿等地。王离拒李良于井陉时，约为二世二年之首月，即十月。李良“还之邯郸”而反叛，并杀害了赵王武臣和左丞相邵骚，是在十一月。张耳、陈馀逃出邯郸，“收其兵，得数万人”，另立旧赵公子歇为赵王，居信都，是在正月（端月）。在此后的一段时间中，李良曾进击陈馀，而为陈馀击败。这时王离军已南下入邯郸郡境，迫近信都。张耳与赵王歇弃信都而东逃至巨鹿；陈馀军于巨鹿之北。李良亦弃邯郸而南撤，投降了章邯。这年后九月，王离军围赵王歇于巨鹿。二世三年十月，章邯才在李良的引导下，北入邯郸，皆徒其民于河内郡，并夷其城郭。之后，章邯军巨鹿南棘原，筑甬道属河，饷王离。次月，章邯军即为项羽北上救赵之军所破，甬道断绝，只得据守棘原。十二月，项羽又打破王离军于巨鹿城下，“杀苏角，虏王离，涉间不降楚，自烧之。”
章邯在王离军被歼灭后，退守漳河一带，以河内郡为基地，西以河东郡依托，南以三川郡为背靠，利用黄河漕运，就食敖仓，在八个月内顽强抗击诸侯联军，但起义军不断聚拢，章邯军被战略包围，形势严峻。秦军连连失利，内部矛盾又进一步加剧，二世派人责备秦军将领章邯。章邯派去朝廷请示军事行动或请求军事支援的使者返回军中后，给章邯带来的消息明显不利于章邯，朝廷已被赵高控制，“将军有功亦诛，无功亦诛”，也就是说章邯胜败都不会有好下场，而且，朝廷无增兵援助章邯军之意。当此之时，又有陈余那封打动人心的劝降信，最后无奈的章邯在得到项羽答应给予他优厚的条件后，于秦二世三年七月，率余众二十余万人向项羽投降。至此，秦军主力丧失殆尽，秦王朝覆亡的命运已无可挽回。
从大的方向看，在巨鹿之战前，秦王朝在扑灭起义军的军事战略部署上并无大错，进剿起义军的成效也很显著，但最终却失败了，其原因何在？秦军主力失败于巨鹿之战，而失败的主要责任在昏暴的胡亥和邪恶的赵高。。
一是没有明确统一的军事指挥权。秦统治者在关东人民大起义之初，即组织了两支主力军东向，王离和章邯分别受命为这两支军队的统帅。这两支军队本来就是平行的，互无隶属关系。他们在不同的地点奉命东向。章邯从骊山一带出发，他的主要活动地区在三川、颍川、陈郡、东郡、薛郡一带，所以叫河南军；王离军自上郡一带出发东渡，主要活动地区在太原、上党、邯郸一带，所以叫河北军。这两支军队从组成到巨鹿之战的前夕，虽然有南北呼应的关系，但其基本特点是都直接听命于中央，各自为战，互不隶属。巨鹿之战，章邯、王离二人在军事上仅仅是南北会师后的联合行动。王离军击赵，是直接受命于秦朝廷的，而且是击赵的主力；至于章邯在击败项梁军而北渡，则是为了策应王离军。
司马迁虽有“章邯令王离、涉间围巨鹿”之语，但不足以说明“王离听命于章邯”。