主要区别是、科目分类不同、形态特征不同、生长环境不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、山芹
山芹，别名山芹菜、小芹当归、望天芹等。是伞形目、伞形科、前胡族、山芹属、山芹种植物。
2、芹菜
芹菜，别名胡芹，是伞形目、伞形科、阿米芹族、芹属、旱芹（青芹）、水芹（白芹）、西芹（香芹）种植物。
二、形态特征不同
1、山芹
主根粗短，有数分枝，黄褐色至棕褐色。茎直立，中空，有较深的沟纹。基生叶及上部叶均为二至三回三出式羽状分裂；叶片轮廓为三角形，基部膨大成扁而抱茎的叶鞘。复伞形花序，花瓣白色，长圆形，基部渐狭，成短爪，顶端内曲。果实长圆形至卵形，成熟时金黄色，透明，有光泽，基部凹入，背棱细狭，侧棱宽翅状，与果体近相等。
2、芹菜
根系为浅根系，一般分布在7～36厘米的土层内，但多数根群分布在7～10厘米的表土层。茎在营养生长期为短缩状，生殖生长期伸长成花薹，并可产生一二级侧枝。茎的横切面呈近圆形、半圆形或扇形。叶着生在短缩茎的基部，边缘锯齿状。叶柄较发达，为主要食用部分。复伞形花序，花小、白色，花冠5个，离瓣。果实为双悬果，圆球形，有香味。成熟时沿中线裂为两半，但并不完全开裂。种子呈褐色，内含一粒种子，种子粒小，椭圆形，表面有纵纹，透水性能差。
三、生长环境不同
1、山芹
山芹菜性喜冷凉、湿润的气候，属半耐寒性蔬菜；不耐高温。种子在有光条件下容易发芽。芹菜幼苗生长缓慢，苗期长，易受杂草危害。
2、芹菜
芹菜属于耐寒性蔬菜，要求较冷凉、湿润的环境条件，在高温干旱的条件下生长不良。芹菜属于浅根系蔬菜，吸水能力弱，耐旱力弱，蒸发量大，对水分要求较严格。
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