校长：张文虎 任期：1882-1885 南菁书院院长
校长：黄以周 任期：1885-1899 南菁书院院长
校长：缪荃荪 任期：1888-1891 南菁书院院长
校长：林颐山 任期：1891-1898 南菁书院院长
校长：华蘅芳 任期：1897-1898 南菁书院院长
校长：林颐山 任期：1898-1900 南菁高等学堂总教习
校长：丁立钧 任期：1901-1902 江苏全省高等学堂总教习
校长：丁立瀛 任期：1902-1903 江苏全省高等学堂总教习
校长：刘奉璋 任期：1903-1904 江苏全省高等学堂总教习
校长：金式 任期：1904-1907 江苏全省高等学堂总教习
校长：
宋育仁 任期：1907-1910 高等文科第一类学堂监督
校长：章际治 任期：1910-1911 高等文科第一类学堂监督
校长：朱寿朋 任期：1912.1-1912.4 江苏公立南菁学校校长
校长：胡雨人 任期：1912.4-1912.12 江苏公立南菁学校校长
校长：孙庆曾 任期：1913.1-1914.4 江苏公立南菁学校校长
校长：胡雨人 任期：1914.4-1916.2 江苏公立南菁学校校长
校长：屠宽 任期：1916.2-1916.8 江苏公立南菁学校校长
校长：钱雨生 任期：1916.8-1917.7 江苏公立南菁学校校长
校长：袁希洛 任期：1917.7-1922.8 甲种农林科学校校长
校长：董锡麟 任期：1922.8-1928.1 私立南菁学校校长
校长：陈纶 任期：1928-1930.1 第四中山大学区南菁学院筹备主任兼中学部主任
校长：张仲友 任期：1930.2-1930.8 第四中山大学区南菁学院筹备主任兼中学部主任
校长：
张衣言 任期：1931.10-1932.1 江
苏南菁中学代校长
校长：孙揆均 任期：1932.1-1936.7 江苏南菁中学校长
校长：孙运鸿 任期：1936.7-1937.6 江苏南菁中学校长
校长：尹国钧 任期：1937.7 江苏南菁中学校长
校长：章质夫 任期：1939.1 南菁沪校校长
校长：吴和士 任期：1939.5-1939.8 南菁沪校校长
校长：吴则中 任期：1939.9-1940.7 南菁沪校校长
校长：钱颂平 任期：1940.8-1941.12 南菁沪校校长
校长：王心农 任期：1941.2-1945.8 上海私立漱兰中学校长
校长：吴剑儒 任期：1943.1 江苏省立南菁中学校长
校长：谢应时 任期：1944.1 江苏省立第九中学校长
校长：钱钟亮 任期：1944.2-1945.7 江苏省立第九中学校长
校长：李天民 任期：1945.11-1947.9 江苏公立南菁中学校长
校长：李天民 任期： 江苏省立南菁中学校长
校长：李天民 任期：1949.4 苏南南菁中学校长
校长：金慎夫 任期： 苏南南菁中学校长
校长：金慎夫 任期：1949.8-1953.6
江苏省南菁中学校长
校长：贾淦忠 任期： 江苏省南菁中学副校长
校长：孙亚 任期：1954.10-1955.3 江苏省南菁中学校长
校长：
钱锋 任期： 江苏省南菁中学校长
校长：钱锋 任期：1957.12-1958.9
江苏省南菁高级中学校长
校长：康视以 任期：1964.2-1968.9 江苏省南菁高级中学校长
校长：康视以 任期： 江苏省南菁中学校长
校长：邹石溪 任期：1973.1 江苏省南菁中学副校长
校长：邹石溪 任期：1982.5 江苏省南菁中学校长
校长：邹石溪 任期：1992.9 江苏省南菁高级中学校长
校长：虞德范 任期：1993.6 江苏省南菁高级中学校长
校长：夏锡良 任期：1998-2007 江苏省南菁高级中学校长
校长：过建春 任期：2007.11 江苏省南菁高级中学校长
副校长太多了、初中部是近年才建立的，不一一列举了！