在地税代开运输发票时按税率2.5%缴纳的所得税，在理论上将是可以直接抵缴的。但实际上，在所得税汇算清缴时，不可以直接作为已交税金进行扣除，而是应该将此笔税款还原成应纳税所得额，作为企业所得税的调整减少项目进行变通处理，使劲结果也是抵缴了此笔税款。
之所以要做变通处理，因为现在企业所得税都是通过税收征管软件进行管理的，已交所得税限于在国税局开票缴纳的部分，是系统直接生成的，地税局开票征收的所得税款是无法录入进去的。
追问非常感谢！我也一直在考虑这个问题，如果放在已缴税金里国税的系统里又查不到最后打印缴款单的时候不就麻烦了。请问还原应纳税所得额时按2.5%税率还原还是按25%税率还原？
追答按“地税开票缴纳的所得税/25%”进行还原