生态资源方面，全县耕地15.27万亩，林业用地234万亩，森林覆盖率84%，木材蓄积量1200多万立方米，是全国商品粮基地县、全国重点林业县和全国农村初级电气化县，也是全国南方桂花重要基地和全国最大的罗汉松生产基地。矿产资源方面，已探明矿产有无烟煤、萤石、钨、锰、铅、锌、石灰石等20多种，特别是煤、萤石、铅锌、石灰石、钨等矿产储量居全省前列。
旅游资源方面，集聚了“奇山、溶洞、湖水、温泉、峡谷、寺庙和红色旅游”等特色，特别是有福建省水温最高、出露点最密集的含氡温泉8处，是福建省唯一的省级温泉地质公园；有集湖、洞、峡和古文化为一体的九龙湖省级风景名胜区；有成功入选“海西最具潜力十大乡村休闲游”，并列入省旅游“十一五”十大重点项目的李家乡万亩生态园冷泉避暑休闲度假村。全县已初步形成“一湖”（九龙湖）、“一洞”（九龙洞）、“二泉”（温泉、冷泉）、“三山”（大丰山、灵台山、北斗山）、“四景”（毛泽东旧居、景秀园林、玄武岩、赖坊古民居）的温泉生态旅游格局。2007年清流荣膺“全国十大生态旅游大县”、“全国十佳最具发展潜力的旅游大县”和“全国自驾车旅游品牌百大目的地”称号。
清流县萤石资源丰富，已探明的萤石储量达200万吨，远景储量600万吨以上，已形成年处理萤石原矿15万吨，年产萤石精粉10.5万吨生产能力，产量居福建省第一。清流县有东莹化有限公司、永福化工公司两家氟系列加工企业。东莹化工有限公司在年产1.5万吨无水氢氟酸、5000吨氟化铵和氟化氢氨、500吨氟硅酸、4万吨石膏等氟系列产品能力，年产值达6000万元的基础上，2004年又投资1200万元新上两条年产氟化氢铵、氟化氨5000吨生产线。总投资2.3亿元的永福化工公司氟系列产品开发项目，是省级预备重点项目。永福化工公司已动工兴建。
