现代被子植物的分类系统常用的有四大体系。
1.德国学者恩格勒（A.Engler）和普兰特（K.Prantl）合著的23卷巨著《自然植物科志，1887—1895》在国际植物学界有很大影响。Engler系统将被子植物门分为单子叶植物纲（Monocotyledoneae）和双子叶植物纲（Dicotyledoneae），认为花单性、无花被或具一层花被、风媒传粉为原始类群，因此按花的结构由简单到复杂的方向来表明各类群间的演化关系，认为单子叶植物和双子叶植物分别起源于未知的已灭绝的裸子植物，并把“柔荑花序类”作为原始的有花植物。但是这些观点已被后来的研究所否定，因为多数植物学家认为单子叶植物作为独立演化支起源于原始的双子叶植物；同时，木材解剖学和孢粉学研究已经否认了“柔荑花序类”作为原始的类群。
2.英国植物学家哈钦松（J.Hutchinson）在1926—1934年发表了《有花植物科志》，创立了Hutchinson系统，以后40年内经过两次修订。该系统将被子植物分为单子叶植物（Monocotyledones）和双子叶植物（Dicotyledones），共描述了被子植物111目411科。他提出两性花比单性花原始；花各部分分离、多数比联合和定数原始；木本比草本原始；认为木兰科是现存被子植物中最原始的科；被子植物起源于Bennettitales类植物，分别按木本和草本两支不同的方向演化，单子叶植物起源于双子叶植物的草本支（毛茛目），并按照花部的结构不同，分化为三个进化支，即萼花、冠花和颖花。但由于他坚持把木本和草本作为第一级系统发育的区别，导致了亲缘关系很近的类群被分开，因此该分类系统也存在很大的争议。
3.苏联学者A.Takhtajan在1954年提出了Takhtajan系统，1964和1966年又得到修订。该系统仍把被子植物分为双子叶植物纲（Magnoliopsida）和单子叶植物纲（Liliopsida），共包括12亚纲、53超目（superorder）、166目和533科。Takhtajan认为被子植物的祖先应该是种子蕨（Pteridospermae），花各部分分离、螺旋状排列，花蕊向心发育、未分化成花丝和花药，常具三条纵脉，花粉二核，有一萌发孔，外壁未分化，心皮未分化等性状为原始性状。
4.美国学者A.Cronquist在1958年创立了Cronquist系统，该系统与Takhtajan系统相近，但取消了超目这一级分类单元。Cronquist也认为被子植物可能起源与种子蕨，木兰亚纲是现存的最原始的被子植物。在1981年的修订版中，共分11亚纲、83目、383科。这两个系统目前得到了更多学者的支持，但他们在属、科、目等分类群的范围上仍然有较大差异，而且在各类群间的演化关系上仍有不同看法。
Engler系统和Hutchinson系统目前仍被国内外广泛采用。近年来我国当代著名植物分类学家吴征镒等发表了《中国被子植物科属综论》，提出了被子植物的八纲分类系统。他们提出建立被子植物门之下一级分类的原则是：①要反映类群间的系谱关系；②要反映被子植物早期（指早白垩世）分化的主传代线，每一条主传代线可为一个纲；③各主传代线分化以后，依靠各方面资料并以多系、多期、多域的观点来推断它们的古老性和它们之间的系统关系；④采用Linnaeus阶层体系的命名方法（吴征镒等，2003）。该书中描述了全世界的8纲（Class），40个亚纲（Subclass），202个目（Order），572个科（Family）中在中国分布的157目，346科。