根据上述职责，四川省省直机关事务管理局设9个内设机构：
（一）办公室。
协调局机关政务工作，制定局机关工作制度；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、保密、信访、督查、绩效管理、政务公开、新闻发布、对口接待、机关财务和国有资产管理等工作；承担本部门推进依法行政的组织协调和督促指导；负责局机关及直属单位的安全保卫工作，指导局直属单位的消防、社会治安综合治理、人民防空及交通安全等工作；指导和管理省直属机关婴幼儿园工作。
（二）财务处（省直机关国有资产管理办公室）。
负责财政预算安排的专项经费管理，负责局机关及直属单位财务预决算管理工作；承担省直行政事业单位国有资产管理有关工作，制定相关具体制度和办法并组织实施，承担产权界定、清查登记、资产处置等工作；负责局直属单位内部审计工作。
（三）房地产管理处。
拟订省直机关房地产管理的规章制度并组织实施；承担省直机关办公用房建设的规划编制、项目审核、建设监管、使用调配工作；管理房屋修缮经费，审批和监管修缮项目。
（四）房改办公室。
负责省直机关及所属在蓉单位、中央在蓉单位的住房制度改革工作；拟订住房制度改革实施方案、省直机关住房保障办法和有关制度并组织实施；承担省直单位职工住房和省直机关公务员周转住房的项目审核和监督管理工作；承担省直单位职工住房补贴方案的审核工作；承担除行政单位和全额拨款的事业单位之外的其他省直单位住房资金的管理工作，审核省直单位住房维修资金使用计划；承担监督省直住房公积金工作；指导省直机关集中住宅区的建设和物业管理工作，负责省直单位职工住房档案管理工作。
（五）车辆管理处。
研究提出行政机关、事业单位小汽车配备原则和标准；编制省直机关和直属事业单位车辆配备、更新、报废计划并组织实施；负责中央驻蓉机构小汽车编制的管理和市（州）领导机关小汽车编制的核批；指导省直机关和部分事业单位车辆的保险和理赔；制定省直各单位车辆使用管理办法并指导实施；指导和协调省直机关交通安全工作；承担省级重要会议和活动用车的调配。
（六）公共机构节能管理处。
负责省直公共机构节约能源管理工作，制定有关制度并组织实施；会同有关部门制订省直公共机构既有建筑节能改造计划并组织实施；监督省直公共机构节能规划及年度改造计划的实施；会同相关部门制订能源消耗支出标准，拟订省直公共机构能源消耗定额，组织开展能源统计和能耗审计工作，负责省直公共机构节约能源工作监督、检查和考核评价；参与推动公共机构节能。
（七）后勤改革与综合管理处〔市（州）人民政府驻蓉办事处管理处〕。
承担省直机关事务管理体制改革有关工作，参与拟订有关政策、制度并组织实施；拟订省直机关后勤服务标准和引进社会服务的管理办法并监督执行，指导省直机关后勤服务单位业务工作；承担省直机关事务管理人员的岗位培训工作；承担市（州）人民政府驻蓉办事处的管理和协调工作；指导协调省直机关社会治安综合治理、绿化、计划生育、爱国卫生等社会事务工作。
（八）人事处。
负责局机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资和考核奖惩等工作，承办局机关干部职工的教育培训和技术工人等级考试考核、部分工种的职业技能鉴定工作和省直属机关婴幼儿园教师职称评审工作；指导局直属事业单位干部人事制度改革工作；承办局机关公务员和直属事业单位管理人员出国（境）工作。
（九）离退休人员工作处。
负责局机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作。
机关党委负责机关及其直属单位的党群工作。其办事机构的设置方式，由省直机关事务管理局党组按照省委规定确定。
