《申论》考试面向公务员，考查社会共性问题，比如教育改革，更多侧重考核考生的政治敏感度，对政策的把握，属于方向性。而《综合应用能力》考试面向事业单位，考查考生在某一领域内、专业性更强，实际解决问题的能力，处理具体问题。
一、申论是什么：
申论是中华人民共和国大陆地区国家公务员资格考试的其中一个科目。申论考试需要考生针对一段材料，通常是社会事件、民事纠纷等，进行归纳整理，提炼概括，对材料、事件问题有所说明、申述，在此基础上发表中肯见解，提出方略进行论证。考查应考人员对给定材料的分析、概括、提炼、加工，测查应考人员的阅读理解能力、综合分析能力、提出问题和解决问题能力、文字表达能力等。
二、综合应用能力是什么：
《综合应用能力》是2014年浙江省事业单位省统一招聘考试的必考科目之一，在此之前浙江省除了个别县市例如温州文成县、舟山定海区等几个考区出现过《综合应用能力》这个科目，绝大多数县市考生对此考试科目仍然非常陌生。其原型最早是2010年出现在湖北省省直事业单位招聘考试中的公共考试科目，经过多年的考试实践和演变，《综合应用能力》无论是从考试题型还是测查要素上都有了非常大的一个变化。2015年3月9日，浙江省公务员考试大纲发布，明确表示行政执法类考试科目由《申论》改为《综合应用能力》，更加注重对考生各项能力的考查。
三、二者相同处：
1、考试性质都是对公职人员进行招考的选拔性考试；
2、试题的类型，都属于主观性试题，试题命制都是旨在对应考者的能力进行考察——包括阅读理解能力、综合分析能力、提出和解决问题能力、贯彻执行能力、语言表达能力等；
3、考试形式都是闭卷考试，且采用笔试形式，各地考试的分值都以满分100分为主流；
4、备考素材都应以真题为主，需要进行大量的真题演练；
5、综合应用能力中的案例分析题及作文题和申论试题的相同之处——都会提供给定资料，且材料对答案都是有所限定的；作答步骤都是先理解、分析材料，再按要求进行作答；作文题都是议论文写作。
四、二者区别：
1、 适用范围：《申论》考试面向公务员，考查社会共性问题，比如教育改革，更多侧重考核考生的政治敏感度，对政策的把握，属于方向性。而《综合应用能力》考试面向事业单位，考查考生在某一领域内、专业性更强，实际解决问题的能力，处理具体问题。比如浙江2015年两次考试当中，一次是国培计划，另一次是校园内养宠物，都是围绕学校内实际发生的问题进行考查。《综合应用能力》更多考查的是执行层面的，对具体事务的处理能力。
2、 考查能力：五大基本能力是相同的。但《申论》侧重于整体性，是政策和方向上的，《综合应用能力》属于角色扮演类，侧重某一领域的某一件事情的处理。
3、考试题型：《综合应用能力》考试包括除了《申论》中基本题型外，还增加了辨析题、校阅改错题、认证评价题、科技文献阅读及科技实务题等。就应用文这一方面来说，我们都知道它包括公文和事务性文书，《申论》一般在小题里考查公文写作，而《综合应用能力》可能会在大题里考查事务性文书写作。
4、 材料呈现：《申论》一般是一个长材料，然后考核小题和大题，而《综合应用能力》一般是几个短些的材料，每一个材料后边有一道或两道小题或大题。《申论》比较容易出现热点和焦点类话题，而《综合应用能力》一般不会出现。而《综合应用能力》当中的B、C两类材料要求专业性更强。
5、 答题难度：申论侧重于考查政务热点和焦点问题，材料相对集中。《综合应用能力》由于材料较少，出题更灵活，考核范围更加广泛，这也给了考生更多的发挥空间，所以难度更大一些。
6、解题思路：《申论》侧重对材料的掌控，强调细抠材料，从材料中找答案，申论解决问题的对策，往往要立足于材料的精神和主旨，材料提供了核心思想。而《综合应用能力》在立足材料的基础上，更强调方式和方法。《申论》强调抄材料，而《综合应用能力》在多数时候没什么太多可抄的东西。