1、两者最主要的区别是：在当事人是农业户口的前提下，家庭户口可以享受户口所在地的集体经济组织成员待遇，使用户口本时，比较方便；
2、而当事人是集体户口的，属于“非农业户口”，是不能不能享受农村的集体经济组织成员待遇的，使用户口本时，应征得户口所在的集体的同意，才能“借”出户口卡。
《中华人民共和国户口登记条例》的规定：
第四条户口登记机关应当设立户口登记簿。
城市、水上和设有公安派出所的镇，应当每户发给一本户口簿。
农村以合作社为单位发给户口簿；合作社以外的户口不发给户口簿。
户口登记簿和户口簿登记的事项，具有证明公民身份的效力。
第五条户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。
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