“神农说”最先的是由陶弘景在《名医别录》中推崇。《本草经集注·序录》云：“旧说皆称神农《本经》，余以为信然。”其后的颜之推、孔志约、孙星衍等也是这样认为的。《颜氏家训》云：“典籍错乱，非止于此，譬犹本草，神农所述，而有豫章、朱崖、赵国、常山、奉高、真定、临淄、冯诩等郡县名，出诸药物。”孔志约序《新修本草》云：“以为《本草经》者，神农之所作，不刊之书也。即使到了清代，考据大家赵翼仍迷信陶说，以《本草经》为神农之作，《曝杂记》云：“三皇之书，伏羲有《易》，神农有《本草》，黄帝有《素问》。《易》以卜笠存，《本草》《素问》以方伎存。”
把神农与《本经》联系起来始自西汉刘安。《淮南子·修务训》云：“神农尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所避就，当此之时，一日而遇七十毒。”因此，清以前的学者多数迷信《本经》为神农所作。另外亦有文献根据陶序：“此书应与《素问》同类，但后人多更修饰之尔。秦皇所焚， 医方、卜术不预，故犹得全录。”遂认为《本经》是战国时期的作品。
事实上，不论认为此书成书于神农时代或战国时代，均以臆测成分居多。理由有二：首先，将药物学著作称为“本草”，始见于《汉书·楼护传》：“护诵医经、本草、方术数十万言。“而在《史记》中，这类药学著作而被称作”药论“。如《史记·仓公列传》：“臣意即避席再拜谒， 受其脉书上下经、……药论、石神，接阴阳禁书”。可见， “本草”词的出现是西汉后期的事。
如前所论，把本草与神农联系在一起肇端于西汉。《淮南子·修务训》明确指出：“世俗之人， 多尊古而贱今，故为道者，必托于神农、黄帝， 而后始人说。“一语道破西汉当时的风气。据此可以认为，《神农本草经》一名只是托名神农而已，决非秦以前之作。
第二，《本经》收有一些外来药，如薏苡人（仁）、菌桂、胡麻、蒲陶、戎盐等。可以肯定的是，《本经》成书年代， 必然在这些药物传入中土之后。考《汉书·西域传》：”宛王蝉封与汉约， 岁献天马二匹。汉使采蒲陶、目宿种归。天子以天马多，又外国使来众，益种蒲陶、目宿离宫馆旁，极望焉。“当中的胡麻， 陶隐居注：“ 本生大宛，故名胡麻。《齐民要术》亦云：“张骞使外国，得胡麻。”可以看出，蒲陶、胡麻都是在汉武帝使张骞通西域以后，才得以传入中国，故《本经》肯定为汉人的作品，而决非先秦古书。
由此可见，在缺乏严谨治学精神和质疑精神的情况下，一个谎言能流传上千年。但也有严谨的学者能够独立思考，对此说提出质疑。梁朝阮孝绪撰《七录》始记有《本经》，计有三卷。是书云：“世谓神农尝药。黄帝以前，文字不传，以识相付，至桐雷乃载篇册。然所载郡县多汉时，疑张仲景、华陀窜记其语。”
宋代王应麟也对神农著书说提出质疑，《困学纪闻》云：“今详神农作本草，非也。三五之世，朴略之风，史氏不繁，纪录无见，斯实后世医工知草木之性，托名炎帝耳。”宋代叶梦得《书传》云：“《神农本草》但三卷，所载甚略，初议者与其记出产郡名，以为东汉人所作。”
清代姚恒《古今伪书考》云：“汉志无本草，按《汉书·平帝纪》，诏天下举知方术本草者。书中有后汉郡县地名，以为东汉人作也。”陈叔方在其所著《颖川语录》中写到《本经》当中使用的某些药名有故意做雅的痕迹。比如把“黄精”写成“黄独”，“山芋”写成“玉延”，“莲”写成“藕实”，“荷”写成“水芝”，“芋”写成“土芝”，“螃蟹”写成“拥剑”。这种华而不实的故意做雅，是东汉学风的典型表现。
2015年8月，由中国外文出版社出版了《全图神农本草经》英法译本。本书的译注者安德烈夫妇是对汉学颇有研究心得的专家，翻译出版过多部有关中国传统文化的书籍。他们以中外文化交流为担当，迎难而上，潜心学习《神农本草经》文本，竭力把握中药学经典之精髓，经缜密的考校，将365种可以药用的植物介绍给全球英法语系的读者，同时做出与欧洲同科同属同种的普遍植物的初步比较，并连带介绍了相关欧洲古代药学知识。 该译本从顾观光本，围绕古文中药名称的认定与中外相关植物的比照展开，提供现代学名 (法文注释里只出现双名法，即拉丁文植物属名、种名两名，英文注释里追加到命名者)，如现代药材囊括多种植物，则会提供尽量详细的植物品种。如植物广泛分布于亚洲，译本中还会提及韩语和日语名称或东南亚名称，包含菲律宾和印度。译本中说明药材用的植物部位，说明传统 (按照《名医别录》或《吴普》说法) 取药时期。另外，书后提供多语言索引，方便读者后期参考。 著名花鸟画家刘景曾先生在本书中创作了许多前人未曾涉足的物种形象，使传统花鸟画的物种大为增加，对新物种绘画实践具有重要参考价值。本书绘画不拘泥于影貌，一举突破了明清以来药物标本画的束缚。在画中容纳了大量诗文、史料等与该物种相关的中国古代文化信息。读者可细细品味那些耐人寻味的精彩画面。
