发生航班延误的首先向保险公司进行报案，告知具体的航班延误信息，报案可以通过拨打保险公司电话或通过保险公司指定的其他方式进行如支付宝、微信上的保险公司小程序、公众号、保险公司官网等渠道申请等。
再按保险公司指引的方式提交理赔材料，包括机票、延误证明等，保险公司收取材料后进行审核，审核通过后按约定给付保险金。
目前一些保险公司为了理赔简单、快捷，对理赔进行了优化，航班延误旅客无需提交书面延误证明，只需提供登机牌给保险公司即可申请理赔。
有些保险公司的国内航班延误险还可直接通过第三方数据平台提供的飞行航班及客票信息为准进行自动判赔。
例如在支付宝平台购买的由众安保险提供的国内航班延误险就可以根据第三方平台数据自动判赔，并将自动通过支付宝方式进行理赔金的给付，若自动理赔失败，申请人可拨打客服热线进行报案，保险公司再人工审核理赔。