尼尔斯的父母去教堂把尼尔斯留在家里读书，恍惚间看见了一只小精灵，用纱罩把小精灵扣下捉弄他，因此惹怒了小精灵，用魔法把尼尔斯变小了，为了把自己变回原来的样子，尼尔斯去找小精灵，结果看见家里的大白鹅，想要和大雁一起飞往北方，怕父母伤心，抓住他，可是却被他带到了天空中。
他骑着大白鹅，跟随着大雁走南闯北，饱览了祖国的山山水水，途中经历了许多事情，他和大雁一起参加了鹤之舞表演大会，在一个晚上遭到三次狐狸的暗算，被遭到私密而挑唆的乌鸦绑架，意外掉落到熊洞里，甚至放弃了一次变回人的机会，和雁群一起飞向北方。
经过这段神奇的旅行，尼尔斯从一个淘气贪玩，喜欢恶作剧的小男孩变成了一个勇敢机智，善良，懂事，乐于助人的好孩子。
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