农业减产。工作区土地肥沃，农业生产较为发达。海（咸）水入侵发生以后，由于农田生态环境恶化，使原先正常生长的农作物受到土壤盐分的危害而引起生态变异，轻者生长受抑，重者死亡，农作物产量显著下降。例如，莱州市1979年粮食产量为5.2亿kg，由于海水入侵加上气候连续干旱，到1989年总产量仅3.09亿kg。又如寿光市，由于北部咸水入侵，1989年就有2000hm2土地严重次生盐渍化，使水浇地变成旱地，高产变低产，3300hm2因水质变咸，粮食产量由11250kg/hm2下降到2250～3750kg/hm2，每年减产粮食2500万kg，经济损失约2000万元。据有关部门估算，海（咸）水入侵以后一般年景粮食减产20%以上，干旱年份减产40%以上，特旱年份基本绝产。仅莱州湾沿岸地区1988年以前平均每年减产1.5亿～2.0亿kg，在1986～1988年连续干旱基础上又逢大旱年，粮食减产约5亿kg。
机井报废。由于地下水位持续大幅度下降、水质严重恶化，致使海（咸）水入侵区大批机井干枯或不能用于灌溉和人畜饮用而报废。据估算，海（咸）水入侵区已报废机井近万眼，包括异地新打机井，其经济损失不可小觑。1989年寿光市报废机井558眼，新打机井150余眼，经济损失达2748万元。
截至2002年，环渤海山东地区海（咸）水入侵面积1502km2，受害土地面积147800hm2，减产成数估算，每年平均减产粮食4.44亿kg，报废机井500余眼，农业直接经济损失约为5.94亿元。