儒家经典被立为经书以后，由于传本各异，引起了经学的一些纷争。当时立于官学的五经博士，所授经书均是口耳相传后在汉初用通行的隶书写成的，故称“今文经”；另外，民间又流传一些从地下或墙壁中挖掘出来的古本，是用先秦六国文字书写的，称为“古文经”，如鲁恭王从孔子宅壁中发掘出来的《礼记》、《孝经》、《尚书》、《论语》，河间献王挖掘出的《周官》、《礼经》等。这两种传本原只是记录文字的不同与内容的稍异，后来却形成两个学术上互相对立的“今文经学”和“古文经学”。他们各立师法，标榜门户，在对孔子和“五经”的看法上，在经书内容的解释上，在研究原则和方法上都有很大的分歧。一般说来，今文经学较注重于阐发经书中的“微言大义”，而古文经学则注意对经书的文字训诂。今文经学在西汉立于学官，故盛行西汉。古文经学在东汉则由于贾逵、服虔、马融、许慎等古文大师的推行，终于压倒官学而兴盛起来。