1990年后，红旗渠漳河水源减少工程年久失修老化极为严重。
1992年1月10日至13日，水利部副部长严克强到冀、豫、晋三省沿浊漳河察看水利工程及水源利用情况，对红旗渠水源减少及工程老化极为关注。
在北京参加全国人大七届五次会议的河南省代表团，在代表王宝莲（女、林县籍，林县第一个全国人大代表），安阳市人大常委会副主任洪文广积极倡导下，32位代表联名提出红旗渠急需更新改造，要求国家给予扶持的议案，引起水利部的重视。
红旗渠灌区管理局对红旗渠一干渠向化肥厂、火电厂工业供水工程动工复修。
红英南分干渠第一期翻砌铺底技改工程动工。该工程从小店乡油村起，到采桑乡大石岭止，全长18公里。
红旗渠总干渠青年洞上游蚕沟渠段被炸，红旗渠灌区管理局及时组织复修。
河南省计委下文批复，同意红旗渠进行技术改造，国家给予一定扶持。整个工程工期5年，总投资7224万元，干渠以上列为国家计划投资2999万元，其中国家补助1000万元，省补800万元，市县自筹1199万元，干渠以下列为地方自筹4225万元。
1992年8月22日，红旗渠总干渠盘阳段两处渠墙同时破炸，炸毁长度33米，60米严重裂缝，盘阳村遭到渠水袭击，损失惨重。中共林县县委、县人大常委会、县政府、县政协及县人民武装部领导赶赴现场，分头做群众工作，组织救灾。红旗渠灌区管理局及时组织抢险，昼夜不停，冒雨奋战，恢复通水。此事件为建国以来罕见的爆炸破坏水利工程案件，在沿漳河三省（山西、河南、河北）三县（平顺、林县、涉县）反映特别强烈。事件震动全国。
2014年6月26日凌晨3时许，林州红旗渠总干渠赵所管理段35+700处出现坍塌，附近村庄受湮，发现险情后，相关部门随即通知疏散人员并开闸泄洪，尚无人员伤亡报道，各项抢险救援工作正在进行当中。
渠道管理员发现该情况后，当即通知赵所村用喇叭广播疏散人员，同时上报红旗渠管理处、林州市防汛指挥部、林州市政府及漳河上游局，第一时间启动上下游五座泄洪闸泄水。林州市委市政府主要领导，任村镇、水务局、红管处、民政局等相关单位负责人先后赶到现场查看情况，掌握灾情信息，组织力量抢救群众财产，指挥抢险救灾。
2016年2月17日，安阳市第十三届人民代表大会第三次会议，红旗渠申遗被首次写入政府工作报告。
据红旗渠申遗第一建议人、安阳市政协常委赵河铭介绍，红旗渠最大的危机在于水源，早在20世纪80年代以后，水源就是一个致命的威胁。因为漳河水对红旗渠的供水越来越少，导致的水源争端不断，付出的代价也比较沉重。
红旗渠全长1500公里，安阳官方的计划是以红旗渠总干渠为申报保护范围，从渠首到分水岭站全长70公里。多年前，民间就有红旗渠申遗的声音，去年借助红旗渠通水50周年的机会，林州市召开了红旗渠申报世界文化遗产工作动员大会，这标志着酝酿多年的红旗渠申遗工作正式启动，由民间转至官方层面。林州目前已经成立了一个红旗渠申遗专门机构，各项工作也在加快推进，清华大学建设设计研究院的专家已经加紧对红旗渠文物保护的总体规划进行编制工作。 红旗渠申报世界文化遗产，一方面有望更好地保护红旗渠，进一步提升其文化价值和历史价值及在国内乃至国际上的知名度和影响力；另一方面可以通过文化旅游业带动相关产业的发展，形成新的经济增长点，促进生态环境改善。
