先秦已有菏水，《禹贡》载：“导菏水，被孟潴。”古济水于定陶北汇为菏泽，菏水就是源于菏泽而达于泗水的一条东西走向的水道。对于菏水的形成，有人认为是吴王夫差所开。《国语·吴语》：“吴王夫差既杀申胥，不稔于岁，乃起师北征。阙为深沟，通于商、鲁之间，北属之沂，西属之济，以会晋公午于黄池。”其“深沟”拓深后为菏水。
至汉，菏水作为泗水的主要支流，亦称泗水。桑钦《水经》是将菏水置于“泗水”条下的，曰：“菏水从西来注之”。郦道元注云：“菏水，即沛水之所苞，注以成湖泽也。而东与泗水合于湖陵县西六十里谷庭城下。”注出了菏水的水源和流向。《水经》还记载：“济水又东至乘氏西，分为二。……其一东流者，过乘氏县南，又过昌邑县北，又东过金乡县南，又东过东缗县北，济水又东经汉平狄将军扶沟侯淮阳朱鲔冢，又东过方与县北，为菏水。济水东经重乡城南。菏水又东过湖陆县南，东入于泗水。”《水经注》亦曰：“南为菏水，北为济渎。” 从《水经注》可以清楚看出，至北魏时期，菏水变化不大。中唐后，大河决溢中原，唐末五代尤甚。宋金征战中原，黄河溃决，河势紊乱，多股并流。宋初曾专诏疏浚菏水，一度成为青、兖、徐至汴京的重要通道。至金，河道淤积，只是一条季节性的排水河道了。
菏水在漫长的历史进程中，连接济、泗二水，沟通中原与东南地区，在发展经济、繁荣文化上起过重要作用。战国至两汉，沿菏水两岸，先后建有济阴、山阳、定陶、昌邑诸侯国。位于济菏二水交汇的菏泽岸边的陶邑，曾是中原繁华都市。汉代的成武一带曾为秺侯和成武侯封邑。东汉光武帝建武二年，刘秀封族兄刘顺为成武侯，时“邑户最大，租入倍宗室诸家”。1986年，成武湖开挖鱼塘，曾有大量汉代陶管井出土，从设井之密，井筒之深，陶管之精，反映出当时手工业的繁荣和打井技术之高超。
据考证，历史上菏水曾三次运输军队：第一次是东晋太和四年（公元369年）桓温领兵战北燕，自淮入泗，由泗入菏西上。第二次是东晋安帝义熙十三年（公元417年）太尉刘裕西征后秦，将水军自淮泗经菏水入黄河西上。第三次是南朝宋文帝元嘉七年（公元430年）宋将到彦之率水军攻魏，亦由淮、泗经菏水入桓公沟，再由黄河西进。 元明两代，黄河多次决溢和改道，鲁西南首当其冲，原有河道淤没，面貌大变。菏水当然也难于幸免，不能不沦为一条黄水溜道。尽管偶有史书或志书此期仍记为菏水，不过因袭旧资料，或追记历史，而留恋旧名称罢了。
明于慎行《兖州府志·山水志·山水图经》记载：“黄河自西南入境，东流入于徐，大堤遮其涯，月堤环其隈，长亘成百里。其郡邑为曹、为城武、为单。自城武以北有故道焉。”该志《河渠志》载黄河决溢水道：“曹县而东为城武，县境有支河三道：一在县南二里；一在县南二十里，达于单县；一在县北四十里，达于金乡。”清康熙版《城武县志》关于河道的记载与此相同。城武“县北四十里，达到金乡”的“故道”，即为黄河决溢所夺之古菏水道。时近易考，地近易核。为黄河泛滥而夺流和淤塞的菏水，被府志、县志作为黄河故道记载了。 康熙三十七年（1689年）曾疏浚成武境北傅家潭一带的河道，以泄积水。这次疏浚的河道大致沿古菏水道东行，只是名称改为柳林河了。乾隆二十一年（1756年）刘藻修《曹州府志》载：“柳林河，自定陶县西南古河汇流东北，经河滨寺至北宝乘塔，又东北，有中渠水入之；又经孟家海，有南渠水入之；又东北，经柳林集入巨野县界为柳林河。东经戴家楼，至泗河集入城武界。又东至赵家桥，复入巨野界，至贺家桥入金乡县界。又东经武家坑，入三家湾河，会彭家河，又东经石家桥、十里铺桥，至张家土埧，折而南，入小引河，与涞河会，自此合流东北，经北田寺入鱼台县界，达济宁州，会诸河之水入旧运河。”由此可见，柳林河即康熙间疏通之河道，系沿古菏水演变而成的黄河溜道挑挖，只是稍有变化：上段河道北移，因经柳林集而名柳林河，但一些河段仍有地方名称，如金乡县境有一段就叫三家湾河。中段在成武、巨野两县边境穿插东行。下段北移，由原来近谷亭入运河而改由近南阳镇入运河。
柳林河运行一百多年，对排泄鲁西地区洪水，减轻洪涝灾害起了一定作用。但由于河道弯曲，河槽狭窄，更加不断淤积，乾嘉之后更加宣泄不畅，水患不息。 “万福河”最早见于清道光十年重修《城武县志》、二十六年《巨野县志》。《城武县志·地志·山川·万福河》按曰：“旧志无万福河之名。志称傅家潭形势甚洼，常汇为潴泽。经阙家店等处，有河泄此水入巨野界。年久河道淤没，康熙三十年重浚。今万福河即在傅家潭之北，约其形势，即是当日泄潭水入河。道光四年，奉恩旨赏帑重浚。与城南桶子河均于道光五年正月开工，凡四阅月工竣。大府巡河观察亲诣勘验。自此，一律畅通，水有汇归，附河各村庄沐帝泽之无涯，咸资乐利焉。”此按语说明：万福河就是康熙年间重浚的黄河故道，即古菏水道，河名由柳林河改称。这次驻工督办河务的是城武知县袁章华，他也是道光十年《城武县志》的主修者，记述当是确凿无疑的。十六年后的《巨野县志》更明确记载：“万福河，即柳林河。”关于万福河的释文与乾隆版《曹州府志》关于柳林河的释文完全一致。为什么柳林河改称万福河呢？ 第一，取中段万福村名为河名。查道光《城武县志》县北三十里有“万福村”，辖五庄。该村正处挑挖后的柳林河中段，以中游之村名命河较以上游村名为河名更有代表性，故改“柳林河”为“万福河”。
第二，取“万福”之吉祥，颂扬皇恩。这在“万福河”释文的按语中表达十分明白：“自此，一律畅通，水有汇归，附河各村庄沐帝泽之无涯，咸资乐利焉。”
第三，以“万福”名河，附河各县达成了共识。柳林河虽然载入乾隆《曹州府志》和嘉庆《大清一统志》，而以河道上段一村之名命河，难为各县接受，因而造成各河段有地方名称。而“万福河”名却一直沿用下来，且为各县所认可。《巨野县志》记载尤为明确。看来疏浚后的柳林河改名万福河，附河各县达成了共识。
改柳林河为万福河，内涵丰富，为各方乐于接受，而传至后世。中段有万福村，依地名而命河；挑其河犹汉武帝堵瓠子决口，巧取《瓠子问歌》中“宣防塞兮万福来”句中的“万福”二字，以其吉祥之意颂扬皇恩浩荡，帝泽无涯，这是符合当时情况的。
清道光年间挑挖的万福河道，河槽较深，位于定陶、巨野、城武三县交界处的单县插花地中的中游河道，《单县志》称“伏秋水盛，人多惮涉”。由于流域广大，下游宣泄不及，多有决溢之害。道光末年，金乡县城西北、东西隋林和刘堂三处决口，在金乡县东北部、鱼台县北部、济宁南部冲出南北两大溜道。溜道稳定后称为南大溜和北大溜，束水入湖。光绪八年(1883年)金乡、鱼台两县各颁银币二千作为津贴，按河口宽六丈、底宽三丈的要求，疏浚了金乡县隋林至鱼台县于湖之间的万福河道。
万福河运行一百余年，仅有局部疏理，大部河床淤塞，堤岸坍塌，夏秋雨大，水患不息，各地纠纷迭起，时有械斗发生。1930年，金乡、鱼台两县倡修万福河。1931年春，山东省建设厅多次派员实地勘测，拟定计划，由沿河定陶、城武、巨野、金乡、鱼台分段按亩摊工进行治理。整个工程，于1931年11月动工，次年7月竣工。这次治理后的万福河段长120.8公里，河底宽14－44米，河槽深1.2－3.4米，堤顶宽1.7米，堤高2.05－5.20米，提高了河流的泻水防洪能力。同时治理的还有万福河的五条支流以及南北大溜和湖堰。
经过治理的万福河流域，包括菏泽南部、济宁西南部，黄河故道以北。夏秋雨季坡水畅流，对减轻伏涝灾害起了一定作有。但由于排水能力有限，上下游之间缺乏协作，更加帝国主义入侵和国民党反动派发动内战等原因，万福河难以充分发挥作用，鲁西南仍是一个十年九涝的水灾多发区，庄稼连年歉收，广大群众衣食无着，不少人背井离乡，乞食外地。城武县一千多个村庄，几乎村村有人闯关东。
新中国建立后，人民政府把治理万福河，免除鲁西南水患列入议事日程。经过四十多年全面系统的河道治理和水系调整，如今面貌已发生了翻天覆地的变化，附河各县均获排洪灌溉之利，万福河真正成为万福之河。
