《南京条约》损害了中国的以下主权：
一、我们先来看第一条，“清政府割让香港岛给英国”。割让香港岛，在当时的清政府看来，似乎和中国历史上比如宋朝与金割地求和一般，只是一种赔偿而已，但是清政府的愚昧无知让他们不懂得国家主权为何物。割让香港岛就是将香港岛的主权给了英国，这是直接影响国家主权的问题。中国自古以来，无论是汉族人统治还是少数民族统治，都是中华民族内部的，无关领土主权，但清政府割让香港岛给英国，直接是影响了中国领土主权的完整。
二、在《南京条约》第二条中，开放五大通商口岸，在现在观点看来，简单的通商口岸只是沟通与外国贸易的通道，无可厚非。中国从明朝时期就开始了海禁，清朝更是直接的闭关锁国，中外贸易渠道十分狭窄，而开放通商口岸则打开了中外贸易的闸门。换句话说，开放通商口岸直接改变中国近几百年来的闭关锁国政策，中国贸易市场的大门开始对外国逐步打开了。开放通商口岸这一条影响的是中国贸易的状况。
三、《南京条约》第三条规定，鸦片战争中国作为战败的一方要向英国赔款。战争赔款看似很正常的一条，但这是中国战败，向英国赔款。中国历史上的哪一代不是以天朝上国自居，对待外国一直是看待蛮夷之地的眼光。中国古代统治者眼光狭隘，自大的认为中国就是世界的中心，世界除中国之外都是蛮荒之地，而这次战败的战争赔款，严重打击了清政府自以为是的自大心理。清政府终于看到了原来自己也会失败，也会不如人。
四、最后一条可以说是最重要的一条，为什么呢？关税自古以来都是一个主权国家自己定制的，一个国家的关税如果不能自己说了算，那么这个国家就已经被别人控制了一部分了。《南京条约》协定关税的条款可以说是直接把海关的权利和利益直接让给了英国，中国从此以后不再有独立自主的制定关税的权力。我们通常所说的中国自《南京条约》后开始沦为半殖民地半封建社会，其实也就源于此处。
《南京条约》的签订确乎改变了中国的社会性质，使中国开始受到西方列强的轻视和之后接踵而至的侮辱，然而却并不完全是一件坏事。至少从此以后，已经有人开始认识到自身的不足，认识到世界上还有其他强国，开始睁眼看世界了。
危害
中国的主权完整遭到破坏，独立发展的道路被迫中断，并被卷入资本主义世界市场，中国历史进程发生了重大转变，开始沦为半殖民地半封建社会。
政治
丧失主权《南京条约》为中国近代历史上第一个不平等条约，虽然其本身是否不平等条约还有争议。但在其后续订的《中英五口通商章程》(1843年7月22日)和《五口通商附粘善后条款》（虎门条约，1843年10月8日）中，英国人相继取得了协定关税、治外法权(领事裁判权，中外人民诉讼各按本国法律管理)、划定租界、片面的最惠国待遇(利益均沾)、军舰停泊口岸等特权，则明显是不折不扣的不平等条约，损害中国主权达百年之久， 更有利了外国资本主义对中国的商品倾销和原料掠夺。当时清朝政府轻易的放弃这些主权，一个重要原因也是因为不了解国际法，并不认识这些条款损害国家主权的严重性，反以为有许多便利，不失为一种较公道的解决办法。如认为划定租界，可便于防范外人，对中国人的扰乱可以较少；而协定关税使得中国税收实际上比较以往还有所增加，得到了实利。
经济
五口通商1843年至1844年，新开的五个条约口岸：厦门、上海、宁波、福州、广州相继开埠。厦门、福州、宁波因地理的限制，商务并不繁盛。只有长江口的上海最接近主要出口物资丝绸和茶叶的产地，又位于江、浙富庶之区，同时是国内南北海运的中间站，原在广州的英美商人及其雇佣的买办(多为广东人或宁波人)蜂拥而至，开设洋行。1853年起，上海开始压倒广州，成为全国最大贸易港口。英美法三国相继沿黄浦江设立租界，并不断扩展，形成上海公共租界和上海法租界。后来上海公共租界的中心道路为纪念《南京条约》开放上海而被命名为南京路。至于割让的香港，本为海盗出没的荒岛渔村。英国人在此凿山填海，大事兴建，成为英国在远东的军事政治和经济中枢，一度还是鸦片和苦力的集散地。
传教与文化
鸦片战争时，在中国约有三十万的地下天主教徒。基督教(新教)没有公开传教，只有20名英美传教士在澳门进行一些准备工作，如翻译圣经，编写字典。1846年，道光皇帝明诏弛禁天主教，归还原有教堂，天主教于是转而公开活动。耶稣会负责江苏、安徽和直隶东南部的传教工作。遣使会负责直隶的大部分和浙江、江西。多明我会则专门负责福建。来自英美德三国十余个基督教(新教)差会也纷纷在五口设立教堂、学校、医院。其中美国归正会在厦门兴建了基督教(新教)在中国的第一所教堂新街堂，美北长老会的嘉约翰在广州接办中国第一所西医院博济医院。
对外关系
当时的中国人没有重视、反思这场战争。战后，中国人继续沉浸在“天朝上国”的思想中。清朝对外关系不善，加上鸦片战争的失败，国威严重受损，国际地位相对下降，清廷之国力及军事科技方面弱点尽露，引发外国侵略，剥夺之野心。南京条约之后，各国亦纷纷援例要求订约，向中国提出种种剥削性的要求，不平等条约遂不断出现。
割地：破坏了中国的领土完整；
开埠：方便了西方列强向中国倾销商品；
赔款：加重了中国人民的生活负担；
协定关税：破坏了中国的关税主权。
领土主权、关税主权、司法主权、外交自主权、贸易主权
本回答被网友采纳赔款加重了人民的负担
协定关税损害了中国的关税主权
2、赔款2100万银元。开创了侵略者勒索赔款的恶例，使得清政府的财政更加困难，为了支付战争赔款，清政府加紧搜刮人民，加重了人民的经济负担，同时也为英国资本主义的发展提供了资本积累。
3、五口通商。严重破坏了中国的贸易主权，使得东南沿海的门户大开，西方列强加大了对中国的商品输出。
4、协定关税。不仅破坏了中国的关税自主权，而且使得中国民族工业的发展失去了关税的保护，有利于西方国家倾销商品，掠夺原料。在《南京条约》中，这一条款最能反映英国发动鸦片战争的本质意图。