自西周至春秋战国，先后属吴、越、楚。秦汉至隋唐，先后分属新淦、建成、汉平、宜春、新余、始平等县。五代南唐升元二年（938年）8月，析高安、新淦部分地区置清江县，治所潇滩镇（宋改临江镇），宋设临江军，元改临江路，明为临江府，一直沿袭至清末民初。民国时期撤府设道，清江属庐陵道，不久直属于省，先后属江西省第一、二行政督察区。1930年在临江建立清江县苏维埃政权。
1949年6月在樟树镇建立清江县人民政府，同年7月迁临江镇，翌年3月迁回樟树镇，属南昌分区专员公署，1959年改属宜春专员公署。1987年12月清江县实行省计划单列。1988年10月13日，国务院批准撤销清江县，设立樟树市，12月正式挂牌。 樟树的药业源远流长，是我国历史上最大的药村集散地，距今已有1700多年的历史。自古以来就有“药不到樟树不齐，药不过樟树不灵”之誉。镇郊的阁皂山是一个天然药场，绵延200余里，草木丰茂，盛产各种药材，其中动、植物药材和矿物药材达百余种。早在东汉建安时期，道家张道陵、葛仙翁等即修炼于此。他们一面迷信说教驱邪，一面采药炼丹治病、传授炮制之法。后来葛氏之孙葛洪，总结行医经验，著成《时后备急方》，流传于世。唐宋时期，樟树药业日益发达，采药卖药者日增，药铺、药材行、分庄逐步兴起，并向外省扩张。明朝初年，这里建起一座三皇宫（即药王庙），每逢农历4月28日唐代名医孙思邈生日，就在庙侧设立交易场所，全国各路药商，多云集于此，进行贸易。明末清初，樟树中药铺已发展到200多家，同时，外省药商也来此设立药行，甚至还建有同乡会组织。这样渐渐变成了药材集散中心。至今境内仍有不少保存完好的炼丹井、洗药池、古寺、药庙等胜迹。樟树人采集、炮制中药材世代相传，掌握了许多秘传妙法，无论是炒、浸、泡、炙，还是烘、晒、切、藏，均有独到之处。优秀药工切的药片，“薄如纸，吹得起，断面齐，造型美”，色、香、形、味、效俱佳。樟树的药师、药工、药商走遍全国药材产地，采集、选购品质上乘的药材原料运回加工，使得樟树的药材品种齐全，质地精良。樟树因此成为全国中药材生产、加工、炮制和经营中心。
“药都”的形成，除因其地理条件优越、水路交通发达之外，与其盛产药材，精于药材的种植、炮制、经销和保管，更是密不可分的。阁皂山有天然药材200多种，中外闻名的江枳壳、面枳实，就是当地特产之一。樟树本地，对药材质量的要求非常严格，药材必须纯净，饮片加工务其精细。如今历朝的“药王庙会”已发展成一年一度的全国药材交流大会。每年请柬一经发出，香港、新加坡以及全国各省、自治区、市的药界同仁蜂拥而来。届时的樟树，就成为药的世界、药的海洋。在药都东门外的宽阔坪场上，一片专门用以进行交易活动的富丽堂皇的建筑群拔地而起，总占地面积15000多平方米，可容纳万余人同时进行交易活动。 悠久的历史为樟树市留下很多名胜古迹，境内已发现的古遗址就有122处之多，居江西省的首位，其中包括距今4500年前的筑卫城。樊城等新石器时代遗址和吴城商代遗址。古遗址中出土的一批石器、陶器、瓷器、青铜器、书画、金石等珍品被誉为“国之瑰宝”。还有省级重点文物保护单位建于南唐的太平观碑和建于宋朝的阁皂山鸣水桥等。阁皂山距市区20公里，是全国道教三大名山之一，唐高宗曾赐号为“天下第三十三福地”，朱熹、文天祥等我国古代名人都在此留下过名言佳句。
道教圣地--阁皂山
阁皂山位于樟树市东南20公里处的赣江东岸，绵直200余里，因其“形如阁，色如皂”而得名。相传道学家葛玄曾在此修真悟道、后云游四海，最终仍回到阁皂山、并在骆驼峰之侧修建卧云庵，筑坛立灶，炼丹8载，终成“九转金丹”。他服丹“飞升”后，被道教尊为“太极仙翁”。葛玄的“仙迹”使得阁皂山成为一名胜，道学家云集于此。北宋杨申《阁皂山景德观记》云：学道之士五百人，为屋一千五百间、可见当时之盛况。
阁皂山峰峦越百，仙道遗迹比比皆是。骆驼峰为葛玄得道藏丹处。太极峰为玉女理鬃处，西坑桂壁峰为张道陵修炼之地、有张天师坛。剑劈石、双鲤门、风门、一天门、丹井等处、无不俊美奇特，加上那美丽的神话传说，更显得神奇无比。凌云峰峡口的悬崖上，飞跨着一座石拱桥名曰鸣水桥。它建于北宋政和元年(1111年)，历经了800多年的风雨、桥拱至今完好无损。
吴城商代遗址
位于樟树市西南44公里的山前吴城村、肖江上游的丘陵坡地上。它是在江南首次发现的较大规模的商代文化遗址。考古界称之为“吴城文化”。遗址中心在吴城村土城内。1973年修水库时，被民工发现。后经6次发掘，面积达61．3万平方米，清理出房基2座，灰坑和窑地55个，墓葬16座。陶窑2座，出土较完整的石器、铜器、玉器、牙雕等900余件。这些遗迹、遗物的发现，为探讨江西地区商周青铜文化面貌提供了重要的实物资料。 樟树市博物馆陈列有部分实物和资料，供游人参观。与吴城遗址相伴相随的是樟树市境内最大的水库--吴城水库，水库面积将近10平方公里，为樟树市一大旅游胜地！
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