（三）HL1与HL2的过度
HL1与HL2之间的过度，时间接近20年。
1、文明陷落
在黑山事件之后，Xen生物仍在继续曼延，迅速扩张到全世界，给人类带来了混乱。
而真正让人类文明陷落的不是Xen生物，而是一个来自其他空间的星际联盟——Combine。由于某种原因，Combine发现了地球，并开始策划进攻地球，准备将地球沦为殖民地，人类沦为奴隶。在联合军的精心准备之后，一场大战爆发了。
Combine对地球发动了进攻，战争仅仅持续了7个小时，人类就遭到了惨败，布林劝告人类尽快投降，以防遭到灭种的危险。结果，联合军(Combine军队）仅仅用了7个小时，就占领了地球。布林则成为了联合军的傀儡，负责“管理”地球。
哪里有压迫，哪里就有反抗，人类并不会轻易地就接受来自另一个物种的奴役。人类自发组织了反抗军，与联合军对抗，伊莱与克莱纳等黑山事件幸存的科学家便是反抗军的领导力量，弗地冈也不满联合军的统治，做为有理智的生命，他们与人类结盟，共同反抗联合军的暴政。
2、Combine的统治
联合军在控制地球后，开始了一系列殖民措施。
他们首先将人类的城市重新命名为1号城、2号城……在HL2时期，17号城被设立为首都，联合军的大本营就在这里。为了集中人类的生存据点，联合军在各大城市周围布置了防线，防止Xen生物侵入城市，外界则任凭Xen生物泛滥，这样，大多数人都主动选择了到城市居住，外界则成了Xen生物与反抗军的空间。
联合军还设置了“生殖抑制力场”，使得人类无法生育，剥夺生育权，让人类慢慢的灭绝；他们在人类的饮用水中加入了某种特殊物质，让人类的记忆逐渐消退，有利于人类服从联合军；同时，人类的居住地必须由联合军决定，被来回不断地迁徙，无法定居；反抗联合军的人，被捕后有可能被联合军改造为幽灵，为联合军服务；布林通过各种媒体向人类灌输顺从的思想……为了最大限度的吸收人类成员，联合军组建了一个警察组织——国民护卫队，他们全由人类中的“叛徒”组成，参与者可以得到好的食物，满足性的需求，这样，大量人类都加入了进来，为联合军效力。国民护卫队成了联合军施行恐怖镇压的一个有效手段。
联合军还改造了猎头蟹用于清剿反抗军。他们使被寄生的僵尸无法进食，而且寄主死后猎头蟹可以脱离并寻找新的寄宿体。向反抗军的聚集地大量倾泻猎头些炮弹后，可使当地的人全都变成僵尸或被僵尸杀死。而僵尸由于无法进食，会慢慢的饿死。
联合军的军队又称装甲核心部队，装甲核心的部队分类很多，在这不作详细介绍。
（四）HL2
1、英雄归来
Gman再次唤醒了戈登，让戈登挽救被Combine践踏的人类文明。
戈登被送到17号城的火车站，在那里遇到了他曾经在黑山的朋友巴尼——现在在国民护卫队做反抗军的卧底。巴尼让戈登去克莱纳的实验室。路上，联合军搜查正在戈登所在街区，是爱丽克斯，也就是伊莱的女儿救了戈登。这样，克莱纳、爱丽克斯、巴尼与戈登四个人就聚在了一起，戈登在这里得到了他的新衣服——由克莱纳改进成的HEV V（是罗马数字5，并不是V）型防护衣。正好当天克莱纳与爱丽克斯完成了时空传送机的装配，他们决定利用这个传送机把爱丽克斯与戈登送到伊莱的实验室，结果，在传送戈登时，传送机发生了故障，联合军发现了戈登，戈登不得不徒步沿着运河走到伊莱的实验室了。
联合军发现戈登后，立刻派出了大量部队，整个城堡也处于了戒严状态，由于戈登在铁路沿线出现，所以，全市的国民护卫队几乎都被派到了铁路与运河，随时准备逮住戈登，此处的许多反抗军地下站也被联合军趁机清除掉了。
国民护卫队并没有能阻止戈登，相反，受到了重创。戈登在反抗军的帮助下，弄到了一条汽船。戈登开着汽船，通过了联合军设置的数个关卡，最后到达了坐落于旧水利厂附近的伊莱的实验室——黑山基地东区。在这里他遇到了伊莱、爱丽克斯与莫斯曼。
在黑山东区，戈登获得了重力枪。正当戈登练习使用重力枪时，联合军对这里发动了突然袭击，由于隧道被堵死，戈登不得不一个人前往已经被僵尸控制的矿场——莱温霍姆。在当地的格里高利神父的帮助下，戈登逃出了莱温霍姆，与外界的反抗军取得了联系。
2、反抗
从莱温霍姆出来的戈登，在码头帮助驻守的反抗军与正规部队展开了交火（由于事态不断严重，所以此时联合军已经出动正规部队）。在反抗军的帮助下，利用无线电与爱丽克斯通了话，德知伊莱已经被捕，关押在大型监狱——诺瓦矿场里。爱丽克斯建议戈登走海滨公路到达诺瓦矿场，爱丽克斯自己利用联合军的火车进入，两人约定在诺瓦矿场里碰面。
戈登驾驶着反抗军提供的侦察车穿过了沙滩，上了17号公路。联合军正规军在路上设置了许多关卡拦截戈登，但都失败了。
戈登最后到达了灯塔站，在这里参与了一场防御战，然后到达了诺瓦矿场外围的反抗军据点，一个弗地冈帮助戈登从蚁狮守卫体内取得了信息素囊，教给了戈登使用信息素囊的方法。戈登利用信息素的保护，关闭了诺瓦矿场外围的蚁狮限制器，使得蚁狮通过地下进入了诺瓦矿场，造成了混乱，联合军则通过空中侦察确认了这次行动为弗里曼所为。联合军增派援军，甚至出动了超级部队，都未能阻止蚁狮。戈登借着乱子，混入了监狱，与爱丽克斯回合。他们找到了伊莱，还发现了莫斯曼是个叛徒，搜查黑山东区的行动就是莫斯曼为联合军提供的情报。爱丽克斯与戈登打算用联合军的时空传送仪逃脱，结果莫斯曼偷偷地利用传送仪把伊莱和自己传送走了。联合军的大军已经逼近，无奈，爱丽克斯与戈登只好重新开启传送仪，逃到了克莱纳的实验室。
等他们到了克莱纳那里，已经过去了一周，虽然他们自己感觉不出来。
在这一周里，反抗军为救出已经转移至城堡的伊莱，发动了起义，17号城已经陷入了战火之中，反抗军在竭力向城堡扑去。爱丽克斯与戈登也加入了战斗的行列。在巷战中，爱丽克斯不幸被捕。
戈登首先穿过了数个街区，与巴尼会合，然后帮助巴尼，关掉了联合军的装甲核心大楼的抑制设备，让更多的反抗军通过前往城堡的街区，最后，戈登在阿狗的帮助下，进入了城堡。
3、布林之死
戈登进入城堡不久，就被联合军发现，联合军的武器没收系统没收了戈登的所有武器，但重力枪却被改造成了威力更加强大的武器。戈登使用新的重力枪，横冲直撞，最后到达了一个吊舱中继站。弗里曼明白，在这个偌大的城堡里，想要徒步找到布林真是难上加难，如果想在布林处决伊莱和爱丽克斯之前解决布林，那就只有把自己变成囚犯，让布林主动把他带到自己的办公室，然后再想办法。尽管这样做很危险，而且变数很多，但目前只有这一种方法。于是他毅然选择进入吊舱，被联合军发现被带到了布林的办公室。
在这里，戈登见到了布林、莫斯曼以及被关在吊舱中的伊莱与爱丽克斯，布林要将爱丽克斯与伊莱通过传送门送到联合军的世界，就在这时，莫斯曼由于对伊莱的感情而背叛了布林，布林一慌，不小心用重力枪打下了关着戈登等人的吊舱，但他没想到重力枪竟有那么大的能量，竟破坏了吊舱，无可奈何他只能丢下重力枪逃跑了，他打算用传送门逃到联合军那边。
爱丽克斯与戈登去追布林，戈登用重力枪摧毁了城堡顶端的的暗能反应堆，城堡顶部发生了爆炸，布林的传送平台失去牵引力，从城堡顶部掉下去摔死了。就在大爆炸的瞬间，时间定格了，gman再次出现，对戈登做了简短评价后消失了。
(六)EP1 & EP2
1、摧毁城堡（EP1）
在 EP1的开头，城堡爆炸的时候，gman正打算把戈登再次“冷冻”以便他以后使用时，弗地冈人意外的闯入了他们之间的空间，并“说服”戈登背离了 gman，然后，在定格的时间中，救出了大爆炸中的爱丽克斯与戈登。（由于开发公司在开发HL2时，并没有打算开发劫后余生也就是EP1，所以剧情衔接在这里有个小小的误差）当戈登苏醒时，他被阿狗从废墟中挖了出来，并获得了重力枪，与爱丽克斯再次相聚（爱丽克斯与戈登还来了个美好的拥抱~ ）。
在 HL2与EP1之间，城堡的顶端已经发生了爆炸，整个城堡从上半部被拦腰炸断，伊莱与莫斯曼利用布林博士的救生舱逃离了城堡，随后莫斯曼搭乘直升机去了北极圈（此行目的游戏未揭晓），伊莱与克莱纳则逃到了远在C17外的白森林的马格奴森的研究基地。他们发现城堡在不久之后，还会发生更加猛烈的爆炸，这将是一次核爆炸，整个C17市区都将在这次爆炸中摧毁，更棘手的问题则是，联合军在城堡底段的能源装置——核心正在向爆炸提供能量，以便加速爆炸的发生，同时，联合军开始拷贝大量数据，准备在城堡爆炸时将其传送给联合军的高层世界，并将城堡中的联合军探员发射出去。克莱纳因此开始向C17市民发布通告，通知市民迅速撤离。不过，由于城堡的受损，联合军的生殖抑制力场及某些未知的其他抑制力场和联合军的传送门技术以及依赖这种技术的通讯设备均被消除及基本破坏。这就意味着，在近二十年的暴政之后，人类终于有机会繁殖自己，以更强大的力量反抗联合军！
爱丽克斯与戈登与克莱纳等人取得了联系，获得了相关信息后，再次潜入了城堡，关闭了核心，以便取得更多时间来疏散市民。并将联合军准备传送的数据全都拷贝了出来，这导致联合军派出大量部队追捕爱丽克斯与戈登。
爱丽克斯与戈登本想利用城堡中的地下火车，直接逃出城市，不用像其他平民那样徒步逃离。但中途铁轨遭到破坏，火车报废，也就是说，两人不仅要徒步逃离，还要从不知多深的地下先返回地面（偷鸡不成蚀把米）。于是，两人逃入了C17的地下停车场，这里已经被僵尸所控制，而且，由于戈登在HL2时期的破坏，联合军在C17周围的防线已经崩溃，大量蚁狮进入了C17以及C17的地下停车场，为爱丽克斯与戈登的逃跑增添了困难。
不过，他们两个还是逃出了停车场，到达了地面，并与巴尼等人回合。他们希望能够将更多的市民疏散出去。联合军则在医院、火车站周围的街区部署了大量军队，阻止反抗军的计划。联合军中残余的国民护卫队成员也加入了阻截弗里曼的行动。
联合军的计划失败了，爱丽克斯与戈登不仅自己逃出了C17，而且还帮助其他许多反抗军成员与市民逃出了C17，巴尼也逃走了。不过，C17内还是有许多不听信克莱纳的人留了下来。
正当爱丽克斯与戈登乘火车逃出C17时，城堡爆炸了。城堡上空形成了一个巨大的传送门，数据都被传送了出去，联合军探员也利用飞船朝着四面八方发射了出去。
2、阻止入侵（EP2）
城堡爆炸后，C17被完全摧毁，可以说地球上的联合军已经孤立无援，然而，城堡爆炸前发射出去的数据致使地球上的联合军与联合军高层世界取得了联系，城堡废墟上再次形成了一个巨大的超级传送门的雏形，传送门一旦形成，联合军便可再发动一次入侵战争。
爱丽克斯与戈登所乘坐的火车在爆炸中翻车，不过两个人都活了下来。他们俩利用废弃的电台同白森林方面取得联系，然后决定去白森林把拷贝出来的数据交给克莱纳等人，然后利用数据关闭联合军的传送门。联合军方面则一刻也没有放弃搜索他们，联合军在C17周边的剩余部队已经开始集结，准备夺回他们的数据。
在去白森林的路上，爱丽克斯被一只联合军的捕食者击伤，并被弗地冈救起，送到了在地下坑洞的反抗军据点。戈登与一名弗地冈潜入了蚁狮洞的深处，得到了蚁狮卵的萃取物，然后救了爱丽克斯一命。这时，gman再次闯入了弗里曼的世界，以命令的口吻逼迫戈登要把爱丽克斯安全的护送到白森林，然后让爱丽克斯向伊莱传话：“准备接受出乎意料的结果”。
爱丽克斯醒来后，与戈登、一名弗地冈一起在旧的化工厂里，找到了一辆车，随后爱丽克斯与戈登便利用这辆车踏上了前往白森林的路。
路上，他们破坏了一只联合军探员卵的维生系统，联合军探员逃跑了，不过却引来了联合军的重兵，他们击溃了联合军的围堵，来到了一个反抗军据点，反抗军的战友们帮助他们维修了刚刚在交战中破损的车。
之后，爱丽克斯与戈登的车还遭遇到过联合军的埋伏，不过联合军都未得逞。
最终，爱丽克斯与戈登到达了白森林的火箭基地，此时2号发射井发生了故障，马格奴森博士要弗里曼来解决，没想到故障的原因竟是联合军的破坏。联合军的军队发现了火箭基地的位置，并把兵力从2号发射井空降至基地内部，戈登及时来到了2号发射井的控制室，关闭了井门。
随后，伊莱、爱丽克斯、克莱纳与戈登破译了带回来的数据，看到莫斯曼在北极发现了光圈科技的遗迹——“北极光号”研究船，莫斯曼的生死未卜。克莱纳决定利用 “光圈科技”的强大力量来对付联合军，但伊莱坚决反对。爱丽克斯在向伊莱传递了gman的话后，伊莱差点晕了过去，并一再警告戈登，一定要摧毁那艘船。
此时，联合军准备利用三脚机甲部队摧毁马格奴森的火箭，戈登在马格奴森的指导下，学会了使用马格奴森装置——一种对付三脚机甲的黏性炸弹，然后，戈登歼灭了联合军的进攻部队，保住了马格奴森的火箭。克莱纳等人将数据打包进了火箭中的卫星中，然后发射了出去，联合军的传送门立刻崩溃了。
接下来，爱丽克斯与戈登决定乘直升机去北极圈寻找莫斯曼，伊莱在他们临走前被一只联合军探员所杀，幸亏阿狗的出现，救了爱丽克斯与戈登，但爱丽克斯失去了她的父亲......
故事在继续，随时修改及追加。
附录：
附1：HL1时间次序表等
灾难前黑山部分计划：
1、.异常物质实验室对水晶样本进行分析；
2、推进测试实验室对火箭进行点火测试；
3、对“阿尔法”卫星进行部署；
4、危险应变课程十项运动将于当日晚上7：00开始；
5、安全人员准决赛将在安全通讯频道转播；
灾难前黑山部分状况：
顶部温度93华氏度，内部温度68华氏度；
水力发电站以60%运转中；
主反应器运转正常；
所有系统均准时运作；
事件次序表（次序以序号为准，同序号内暂时无法确定先后次序）：
1、基地部分系统发生故障，并修复；
2、弗里曼通过运输系统到达C区异常物质实验室，在列车内首次与G-man见面；
3、弗里曼取得HEV Ⅳ防护衣；
4、水晶样本分析实验室开始，指数串联现象发生，灾难开始；
5、C区发生爆炸与坍塌，侦测到未经授权的生物反应，电梯全部失效；
基地通告：B区与C区有生化危险警告；
B区冷却剂维护区侦测到未经授权的生物反应；
B区地下三楼淹水；
管理中心（D区）发生异常能量反应；
6、弗里曼进入B区冷却剂维护区，然后进入D区管理中心；
7、管理人员开始从D区撤退；
通风系统侦测到未经授权的生物反应；
D区炮塔防御系统启动；
8、HECU（谢德华的部队即危险环境战斗部队）到达基地
部分人员被捕，接受审讯，部分人员遭到屠杀；
军队对基地顶部实施空袭；
各搜索摧毁部队开始向地下渗透，实施封锁；
广播通报系统由军方接管；
9、弗里曼到达材料储存所；
10、B部队与弗里曼在材料储存所发生交火；
火箭点火测试已被解除；
11、弗里曼到达E区推进测试实验室，踏上前往λ要塞的路；
12、医疗小组开始向材料储存所移动，救助B部队伤亡人员；
A部队出动，遭遇科学人员反抗；
军方向弗里曼通告：立刻向军方报道，接受安全检查；
E区铁路隧道遭到异型进攻，E部队进行防御；
弗里曼重新开启推进点火测试，杀死藤怪；
13、E区铁路动力中断；
弗里曼进入铁路控制室；
14、E区铁路隧道周边阵地失守；
D部队到达火箭发射控制室；
15、弗里曼恢复了铁路动力，进入隧道；
16、弗里曼获得了发射卫星的任务指示；
17、军队正式获得授权：允许对戈登•弗里曼使用武力；
封锁检查小组到达先进生物研究实验室；
18、弗里曼发射卫星成功，军方与λ要塞开始监控弗里曼行踪；
医疗小组开始向E区移动，救助E部队伤亡人员；
19、弗里曼被捕，但成功逃脱，进入旧工业区；
20、先进生物研究实验室侦测到有Xen军事力量活动；
弗里曼到达先进生物研究实验室；
21、Xen军队开始入侵黑山基地顶部；
军方向弗里曼通告：所有科学人员将被处决，直到弗里曼投降为止；
弗里曼取得实验性武器；
22、弗里曼到达水力发电厂及周围顶部地区；
顶部封锁部队正在抗击Xen军队的入侵；
谢泼德所在部队进入黑山上空，并被击落，谢泼德本人获救
23、弗里曼到达λ要塞的外围；
军队开始撤退；
谢泼德收到撤退任务指示；
24、λ要塞遭到空袭；
谢泼德到达E区撤退点，但未能撤出；
25、弗里曼进入λ要塞内部；
26、λ要塞异次元封锁系统失效，Xen军队开始入侵λ要塞；
27、弗里曼启动λ要塞的反应炉并到达反应炉顶部；
X族已经进入黑山；
黑衣人部队已经开始向HECU开火；
谢泼德首次与黑衣人交火，第一次见到包裹（核弹）
28、弗里曼被λ小组送往Xen以杀掉尼赫伦斯；
谢泼德与弗里曼在λ反应炉顶部向遇；
29、谢泼德获得实验性武器；
30、谢泼德到达生物实验室；
31、谢泼德到达废料处理地段，杀死坑洞蠕虫；
32、谢泼德到达水力电厂附近仓库；
33、谢泼德到达水力发电厂；
34、谢泼德在地下停车场阻止黑衣人引爆核弹，但核弹被gman重新启动；
35、谢泼德杀死基因蠕虫；
36、黑山基地被核弹摧毁。
各部队所在区域对照表：
A部队 ：不明
E部队 ：材料储存所
B部队 ：E区铁路系统
D部队：火箭发射控制室
顶部封锁部队：基地顶部
封锁检查小组：先进生物研究实验室
医疗小组：随时调动中
附2：部分疑问解释
以下内容部分未经证实，只是为了暂时的剧情衔接所推理或猜测的。如果日后V社透露出了与之冲突的内容，则以V社内容为准。
1、戈登.弗里曼是谁？
首先从外表上我们可以看到，他是一个男人（废话！！）。有一对绿色的眼睛，戴着一副黑框眼镜。黑褐色的胡须，黑褐色的眉毛，以及黑褐色且杂乱的头发。
他只是个普通人。实际上，他是个非常聪明的普通人类，一个物理学家。
在HL1中我们可以了解到，弗里曼的年龄是27岁，未婚且举目无亲。出生于西雅图市。
就在戈登毕业之际，克莱纳已经在黑山研究所的顶级保密计划中取得了一大步的进展，而且急需一些助手来完成剩下的工作。弗里曼毫无疑问地被选中了，并且他也同意到黑山研究所去工作。此内容在正文部分已有介绍。
由于试验急缺人手，他在尚未录入视网膜出入许可系统的情况下经过短暂的避难训练和试验培训后，就被匆匆的送到实验室了。
毫无疑问，他是HL系列的主人公，少言寡语，责任心强，立场坚定，是非分明。手持一杆红漆撬棍，身着书写λ字符的HEV防护衣，他，就是戈登.弗里曼。
根据Half-life 2: Raising the Bar一书，戈登·弗里曼的名字表达了对弗里曼·戴森（Freeman Dyson，一名著名的美国物理学家）的敬意。
2、HEV防护衣是怎么回事？
HEV防护系统，英文Hazardous EnVironment，由黑山基地的λ小组开发，专门为黑山基地的科学人员在危险环境状况下使用，如供的黑山勘探队在Xen做业。
HL1中，戈登使用的是HEV第四代防护衣。
HEV 4是一个功能及其复杂的防护系统，拥有多种功能。首先，HEV可以帮助使用者完成各种动作，例如长时间蹲伏、跳跃等，HEV都可以帮助使用者毫不费力地完成；其次，HEV拥有各种系统可以帮助保护或警告使用者的安全，这些系统包括：动力辅助移动系统、高冲击反应装甲系统、大气污染感应器、维生监控系统、弹药水平监控系统、通讯系统、防御武器选择系统与自动医疗系统。
HEV 4使用电力提供装甲保护，这些充电装置在黑山基地随处可见。HEV 4还可以与黑山基地的医疗设备连通，为HEV的医疗系统提供原料。HEV 4还可以携带武器，并对武器状态做出评估。当使用者遭遇辐射、危险化学物质等危险时，可以警告使用者。HEV 4还会监测使用者的生理状况，随时提供救护。
在HL2中，戈登使用的是HEV 5，该防护系统由克莱纳在HEV 4的基础上改进而成，添加了助跑与水下供氧功能，HEV 5还可以与联合军的充电装置联机。
3、Combine是什么？
Combine，即联合军，指的是一个宇宙联盟，是星际间的一个组织。他们在宇宙中的各处建立殖民地，将其他种族沦为奴隶，HL2中的人类就在他们的统治之下。联合军擅长改造其他物种，让其他物种在联合军的控制下为联合军为联合军服务，如HL2中的联合军士兵、三脚机甲等，都是经过他们改造的生物。也就是说，联合军事实上是一个集中了众多物种大团体。
4、G-man是谁？
对于这个问题，我只能说，无可奉告。对于这个人我不想过多讨论。如果你好奇，我可以给你几个研究员们猜测的结果。
http://www.playhl.com/forums/thread-54066-1-1.html 阅读时请注意：一切都是猜测！
5、黑衣部队到底是那里的军队？
对此我们也没有足够的资料。目前我们只知道她们任务是在黑山基地安放核弹并且杀死包括军队在内的所有妄图阻拦她们的生物。
6、原来在HL1中的那些生物到哪去了？
它们部分依然存在在地球，猎头蟹就是个很好的例子。而更多的部分则由于适应不了地球环境而在地球灭绝了。（VAVLE官方表示，它们没有出现并不代表全部灭绝或被联合军杀灭。）
参考资料：http://baike.baidu.com/view/708241.htm