区别主要是由于母本不育系的品种不同而区分的
，如冈尤的母本为冈46A,Ⅱ优母本为Ⅱ-32A。
因为一般
三系杂交水稻是由恢复系和不育系杂交而得，所以其命名就根据亲本材料的名字而命名。
三系杂交水稻包括：不育系，保持系，恢复系。一般杂交种子是由自交繁殖的恢复系和利用保持系繁殖的不育系，杂交而得。所以，要保证杂交水稻的成功，父本材料恢复系，母本材料不育系，以及保证不育系能够稳定遗传的保持系都要具备。
而两系杂交水稻，是把恢复系和保持系结合使用，利用光敏，
温敏等材料繁育，使恢复系在不同气候条件下可以表现出保持系的特性。
这样就把三系杂交水稻简化成了两系。但实际操作要更加精准小心