根据微生物的进化水平和各种性状上的明显差别,可把它分为原核生物(包括真细菌和古生菌),真核微生物(菌物界中的真菌、粘菌、假菌,植物界中的显微藻类和动物界中的原生动物)非细胞微生物(真病毒和亚病毒(类病毒、拟病毒、朊病毒))三大类群。