支原体感染的治疗，主要采用抗生素和中药治疗，常用的抗生素有:四环素、红霉素，林可霉素等，但抗生素的使用，容易产生抗药、耐药等缺点。中医中药治疗可以避免产生耐药性，此外治疗期间应避免性交，夫妻双方应同时接受检查，检查结果为阳性者，均应接受治疗。
生殖道支原体感染是一种性接触传播疾病，成人主要通过性接触传播，新生儿则由母亲生殖道分娩时感染，成人男性的感染部位在尿道粘膜，女性感染部位主要在宫颈。支原体只能粘附在泌尿生殖道的上皮细胞表面的受体上，而不进入组织和血液。
支原体是一种感染源，正常人体内是可以有少量存在的，属于自身的正常携带菌。支原体感染有一定的自愈倾向，多数病例不经治疗可自己痊愈。但当免疫力下降，或者外源性传播大量支原体时，会出现感染症状。
感染人体的支原体主要是人型支原体和解脲支原体最为常见，人型支原体在妇科感染后，可能会引起不同程度的阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、输卵管炎、盆腔炎，解脲支原体引起非淋菌性尿道炎。
抵抗力正常的情况下不会导致女性产生异常的症状，所以检测出支原体阳性，但没有任何症状，属于支原体携带者,可以暂不治疗，定期随访。
如果出现阴道分泌物增多，白带比较浑浊的现象，同时还伴有外阴以及阴道部位的瘙痒。或者尿频、尿急、尿痛等不适症状，那就需要治疗。药物治疗可用坤立舒苦参凝胶，它是一种纯中药制剂，其主要成分苦参总碱具有对抗细菌、真菌、病毒及滴虫的作用。
支原体的抗生素治疗有前提，根据药敏结果选择敏感的抗生素进行抗菌治疗。治疗要在医生的指导下足量、足疗程，同时要注意个人卫生，避免二次感染。每天要用温水清洗会阴部，不要冲洗阴道，如果频繁冲洗阴道，反而容易引发感染。