郭秉文在南高师的办学主张为学者治校、学术自由、学生自治。东大成立后，他提出四个平衡的办学方针 ： 文理科是全校规模最大、师资最强、培养人才最多的一个科，理科教员中有86%的人具有留学经历；文科教员中多为国学名家，如柳诒徵长于史学，姚孟埙长于经学，陈钟凡(后更名陈中凡)长于子学，顾实长于小学，蒋维乔长于佛学，李审言长于骈文，吴梅长于词曲，梁实秋长于散文与文学评论。国文部、国文史地部一直由刘伯明任主任；理化部、数学理化部则长期由张子高任主任。两部合组成文理科后，主任由刘伯明担任。1923年，刘伯明英年早逝，文理科主任由孙洪芬继任。曾经担任过系主任的有：国文系主任陈钟凡，历史系主任徐养秋，哲学系主任刘伯明、汤用彤，英文系主任张士一、楼光来，西洋文学系主任梅光迪，政法经济系主任王伯秋；数学系主任熊庆来，物理系主任胡刚复，化学系主任王琎、孙洪芬，地学系主任竺可桢等。该科在这一时期培养出许多杰出人才，后来仅当选为中国科学院院士的就有吴有训、严济慈、赵忠尧、恽子强、柳大纲、吴学周、施汝为、王葆仁、陆学善、袁见齐以及吕叔湘、向达（系50年代的中国科学院哲学社会科学学部委员）等人。
文理科课程设置如下：
1. 必修课：国文6学分，英文12学分。以上共18学分。此外，要在下列各组中至少选4学分，至多选8学分（该组中如有主系者，所选的这类4学分或8学分，必须选其他一系。例如以哲学为主系，就必须选丙组的数学或心理学）。甲组：国文、英文、西洋文学（无论选4学分或8学分，必须有一学程属于文学方面）；乙组：历史、政法经济；丙组：哲学、数学、心理学；丁组：生物学、地学；戊组：化学、物理学。在以上五组中至少要选修30学分，总计必修学分不少于56个。
2. 主辅系：由学生在该科各系中任选一系为主系。然后由主系教师指定数系，再由学生任选一系为辅系。主系学程至少40学分。辅系学程至少15学分，至多30学分。
3. 随意选课：除1、2所规定者外，全部由学生自选，但须取得指导员的同意。1926年3月22日，东大文理科实行文、理分科。理科有：物理、化学、地学、数学4系。文科有：国文、历史、外国语文、政治经济、哲学5系。 教育科包括教育、心理、体育、乡村教育4系。体育系起源于1915年12月开设的体育专修科，以培养中等以上各学校体育教育、地方公共体育场体育主任及管理员为宗旨。当时因为社会急需体育人才，于是体育专修科初创时的学制只有2年。1921年度增至4年。教育、心理二系亦均由1918年5月开设的教育专修科脱胎而来。第一届专科原定修业期限为3年，于1919年9月改为4年。鉴于教育专修科与附属小学校、中学校关系密切，因此，于1919年和1920年先后规定初等教育学程与附属小学主任职务，中学教育学程与附属中学主任职务，分别由同一人担任，以便使学理与经验相结合。1920年9月，采用“选科制”，学程分教育学、心理学二系，并兼收女生。1921年夏，第一届学生37人毕业。东南大学成立后，教育系、心理系即与体育系合组为大学的教育科，以培养教育人员、研究教育学、推广教育事业；同时还成立了乡村教育系，以培养乡村师资。东大这种寓师范于大学的模式，为国内首创，十分有利于优秀师资的培养。教育科主任先由陶行知担任，陶行知离开东大以后即由徐养秋继任。
凡教育科学生须依下列学规选择学程。
1. 共同必修之普通学程：（1）英文，12学分；（2）国文，6学分；（3）社会学大意，1学分；（4）生物学，6学分；（5）世界大势，3学分；（6）哲学入门，2学分；（7）科学发达史，3学分；（8）体育，6学分；（9）择业指导，无学分，共计39学分。
以心理学为主系的学生，除共同必修的普通学程外，须习：（1）数学，4至8学分；以体育为主系的学生，除共同必修的普遍学程外，须习：（1）物理，3学分；（2）无机化学，3学分；（3）有机及生理化学，3学分；（4）细菌学，2学分；（5）社会学，4学分。
2. 共同必修的专修学程：（1）教育通论，6学分；（2）教育心理学大纲，3学分；（3）教育统计，3学分，共计12学分。
3. 选修的主系学程：教育科学生选教育或心理为主系，至少须于主系学程中选习32学分；选体育为主系者，须于体育系所开学程中学习67学分（凡以教育、心理二系之一为主系者，其共同必修的专科学程可以算入）。
4. 选修的辅系学程：凡教育科学生至少须于辅系学程中选习20学分。
5. 任选学程：除上列规定外，凡教育科学生依本科之指导，任选其他学程。
东大教育科的师资阵容十分整齐，许多研究工作，如俞子夷主持的近代小学教学方法之改进，陈鹤琴从事的近代儿童心理研究，廖世承首倡的20年代的测验运动与他所进行的有关“道尔顿制”的实验等，都曾在全国产生过重要影响。 农科源于南高的农业专修科。该科自1917年9月成立以后，即以造就专门人才、发展改良农业为宗旨。初订修业年限为3年，因此，第一届24名学生毕业于1920年6月。后因农科教育重要，农业人才及博物教师缺乏，遂于1920年将修业年限改为4年。添聘专家，增加仪器设备，并增加农业及博物中的精深科目，采用选科制度。大学成立后，该科为东大四科之一，下设植物、动物、农艺、园艺、畜牧、蚕桑、病虫害7系。1926年，合并植物、动物两系为生物系；同时添设农产制造系。共有实验农场13处，计3900余亩。
该科教授在研究美国、英国的农业大学之后认为，大学的农科除了从事农业专门人才的培养外，还应注重农业技术的研究和推广。东大成立时，由于经费不充裕，所以在参考世界各国最好的农业大学的教法外，只能兼重研究；至于推广事业，则取决于东南各省行政机关的意旨及其所给予的经济资助。这在几个时期不尽相同。
从南高到东大，农业专修科即农科的主任一直由邹秉文担任。先后担任系主任的有汪德章（畜牧系）、张归农（病虫害系）、费咸尔（法国籍，蚕桑系名誉主任）、过探先（农艺系）、葛敬中（园艺系）、胡先骕（生物系）等。东大农科的创办，为中国农业发展培养了一批科技人才，比如后来曾任中国农业科学院院长的金善宝，当选为中国科学院院士的杨惟义、冯泽芳、王家楫、伍献文、张肇骞、戴松恩等人，都是该科这一时期的毕业生。同时，东大农科对中国粮棉的生产发展，特别是苏北棉花的生产、推广做出了重要的贡献。
凡农科学生须依下列学规选择学程。
1. 农科学生选择学程的规定如下：（1）必修科（连预科计算）：国文，6学分；英文，12学分；化学，10学分；物理，4学分；地质学，3学分；植物学，4学分；动物学，3学分；农业问题，2学分；以上共计44学分。此外，于下列各组至少选3学分，甲组：植物学门、植物病理门；乙组：动物学门、昆虫学门；丙组：士壤学门、作物学门、农具学门、园艺系；丁组：畜牧系、蚕桑系、农产制造系。（2）必选科：在本科第一学年期末，各学生应自认一系或一门为专习主科，商请该系或该门的教授一人为指导员，指定必选各学程。（3）随意选科：除（1）、（2）所规定者外，学生在指导员同意下，可以自由选习农科各系学程；如果选习他科学程时，除需取得指导员同意外，学分也不得超过16学分。
2. 在修业年内，须到指定地点实习，至少两暑假。每暑假实习时间定为8星期，每星期工作时间48小时。
3. 凡本科生自第二学期起，要选何种学科，须于第一学年终了时，与指导员商定，再由科教授会议决实行。凡是已经决定的选习科目，非经指导员同意、教授会议通过，不得变更。 1920年冬东大成立时，以南高的工艺专修科为大学工科的基础，开始只设机械工程系。留学美国、造诣颇深的茅以升博士回到南京，被校长聘茅以升博士为工科教授。1923年3月，茅以升同工科其他教授李世琼、曾膺联、杨杏佛、涂羽卿、杨肇濂、刘润生联名致函校长郭秉文以及教授会和评议会，提议添增土木工程及电机工程两系。提案写道：“专门教育提倡虽力，而顾此失彼，组织多未完善。本大学学制以农、工、商与文、理、教育并重，寓意甚远。此种组合为国内所仅见。亦即本大学精神所在也。唯农、商两科均已树立基础，效用显著，独工科抱残守缺，迄无发展，长此以往，将为大学之玷。同人等远模欧美之成规，近察国内之需要，觉工科现状非扩充无以自存。谨将添增土木、电机两系之理由，胪陈如下，以供讨论，倘蒙大会通过，工科幸甚，大学幸甚。”他们的提议为学校所接受，当年东大即增添土木、电机两系，工科由此而颇具规模，一举成为中国大学中设系最多的工科。但是，由于办学经费拮据，1924年工科即告停办，与河海工程专门学校另外组成河海工科大学。
1. 研究：包括工程学理论、改良工业原料方法器械、解决工程及工业问题、国内公用事业的建设等。
2. 教学：分机械工程系、土木工程系、电机工程系开展教学。
3. 调查及推广：编辑工程书报；调查交通事业、制造事业、工业经济、工程教育的现状，并设法予以改进。 当时《大学规程》规定，大学可设立研究院。北大、北师大等先后设立了研究院。东南大学学科齐全，成绩一向突出，可是，在研究院的创建上却落后于其他大学。为此，东大教师和校长很不满意。1926年秋，东大各科知名教授20余人联名提出《创办大学研究院案》。但后因战事不断，社会动荡，经费无着，东大研究院终究未能招生开办。
“东南大学当时为长江以南唯一的国立大学，与北大南北并峙，同为中国高等教育的两大支柱。”东南大学的许多学科，如由中国近代动物学的奠基人秉志创建的生物系，由中国地学界一代宗师竺可桢创办的地学系(包括地理、地质、气象)，由最早把近代数学引进中国的熊庆来创办的数学系等，在中国大学中都是最早设立的。东大学科之全，居全国之首。 其时全校共有教师员工200多人，学生1600人，名师云集，人才辈出，被誉为中国东南地区的最高学府。美国著名教育家、世界教育会亚洲部主任孟禄博士在考察了中国各主要大学之后，称赞东南大学“为中国政府设立的第一所有希望的现代高等学府”。
