从根源上来讲的话，他们都是古代人民对于世界上一些不可解释的东西的思考，然后构建出来的神仙，而五方天帝和玉皇大帝都是我国泛神体系中的头头，但是五方天帝和玉皇大帝很大程度上并不能互相对比。
因为五方天帝是上古神话体系中的，从商周时期就有祭祀的传说，而且五方天帝也和我国很多带有“五”字的东西相关，从东南西北中的五方，到角徵宫商羽的五音，亦或者五行、五气、五脏等，他代表着整个世间的运行体系，所以五方天帝就代表着这个世界。
而玉皇大帝是道教体系中的，三十六天七十二地，神仙佛圣人间地府的一切事都归他管，他是众神之神，是万物之主，所以在神仙体系中他更多的代表着是人间皇帝的那种存在，虽然他没有固定的管辖范围，但是名义上，天地都归他管。
所以，其实他们并没有直接的上下级关系，但是如果真的要按道教的来的话，那么五方天帝应该是相当于藩王，或者朝堂上重要干部，和道教的五方天老类似，受制于玉帝，因为玉帝是神中之神，没有比他更高的啦。
这六位神明并不是一个信仰体系里的,硬要扯上关系的话,只能说是如同分封王的与皇帝的关系。
先说玉帝,玉帝的学名叫昊天玉帝,全称就不写了,挺麻烦的。据说昊天玉帝原名张百忍,原本是一个王国的王子,后来在三清的点化下开始修行,据说昊天玉帝,修炼了三千劫才修成神仙,然后又修炼了三千万劫修成众神之主,然后又修炼了亿万劫最终才修成玉帝。而玉帝的的指责就是代替三清管理众神,而三清则是道教的至高神。
再来说五方天帝,五方天帝分别为:伏羲、黄帝、炎帝、神农氏等,这几位天帝生平事迹,估计大家也都知道。这五位天帝是洪荒神系的,属于先祖信仰类的,而玉帝是道家体系的,虽然道教体系也是出自洪荒体系,但是道教的至高神是三清,而洪荒体系的至高神是盘古,而且洪荒体系里们的很多神并没有纳入道教,比如十二祖巫。所以不能混为一谈的。虽然说道教把五方天帝纳入道教体系,但五方天帝只是玉帝的下属,属于分封王。