种子经吸胀萌动后，胚的生长速度急剧加快，胚的体积迅速增大，最后胚根尖端突破种皮，顺着发芽孔外伸，开始生长。随着幼根的生长，种皮从发芽孔处裂开，露出弯曲的胚轴，待胚根、胚轴达到一定长度时，可以认为种子已经发芽。在芽菜生产中，种子发芽及幼苗直立后，表现出两种不同情况：
（1）子叶出土型。这类种子发芽时，初生根出现之后下胚轴伸长，成拱形，然后逐渐伸直，子叶脱离种皮后平展变绿成为幼苗的光合器官。随之上胚轴和顶芽开始发育。这类芽菜种子有大豆、向日葵、荞麦、香椿、萝卜、苜蓿等。
（2）子叶留土型。这类种子发芽时，下胚轴不伸长而上胚轴伸长，子叶与种皮不脱离而留在基质中或纸床上，直至子叶内部养料耗尽而解体。这类芽菜种子有蚕豆、豌豆、红小豆等。