（1）缺少识别序列。
（2）反应条件不合适。
（3）
限制性内切酶对DNA甲基化敏感。
（4）内切酶稀释不正确或加入方法不正确。
（5）甘油浓度过高。
（6）限制性内切酶已部分或全部失活。
对策：
（1）检查底物DNA中是否存在可被
限制酶识别的DNA序列。
（2）使用随酶提供的反应
缓冲液;增大酶量。
（3）检查DNA是否已被甲基化以及所用的限制性内切酶是否对甲基化敏感。
（4）限制性内切酶经稀释缓冲液稀释后应在当天用完;限制性内切酶通常在最后加入。
（5）更换新酶进行实验。
（6）酶的体积不能超过反应总体积的1/10。
生物帮上面有这方面的相关知识的，
http://www.bio1000.com/news/botany/ 植物形态学科研进展,植物生理学科研进展,植物系统学科研进展。
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