两个都是985工程与211工程重点大学，在国内的名气也都比较高，同时也都是以工科见长（中南大学还有医学也见长），明智的做法是根据专业决定选择哪个大学更好。
东南大学的学科在全国的排名情况如下：（排名数据均来自教育部官方学科评估结果）
排名 学科
1 生物医学工程
1 交通运输工程
1 艺术学理论
2 电子科学与技术
2 建筑学
2 风景园林学
3 土木工程
3 城乡规划学
4 信息与通信工程
5 仪器科学与技术
6 动力工程及工程热物理
7 公共卫生与预防医学
11 控制科学与工程
13 哲学
13 电气工程
13 管理科学与工程
16 软件
17 计算机科学与技术
22 机械工程
29 法学
中南大学的学科名次如下：
冶金工程 1
矿业工程 2
安全科学与工程 3
护理学 4
基础医学 5
交通运输与工程 5
测绘科学与工程 5
地质科学与工程 5
土木工程 7
材料科学与工程 8
心理学 9
管理科学与工程 9
机械工程 10
化学工程与技术 10
药学 10
临床医学 11
控制科学与工程 11
马克思主义理论 17
社会学 18
中西医结合 18
统计学 20
计算机科学与技术 20
生物医学工程 21
数学 24
物理学 25
哲学 25
软件工程 34
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