医学配准软件ANTs安装Tutorial+避坑指南

Question

如题所述

Answer 1

医学图像配准神器ANTs安装教程及避坑指南

ANTs，作为医学图像处理领域的翘楚，凭借其卓越的配准质量、高效性能和广泛应用，已然成为了不可或缺的工具。这款基于C语言编写的软件，不仅在Linux和Mac上表现出色，而且几乎涵盖了医学图像预处理的各个环节。

ANTs的安装步骤详解

1. 官方下载与配置

首先，访问ANTs的官方网站，您会找到详细的安装指南，适合于Linux和Mac用户。以下是具体的安装流程：

1.1 安装ANTs N4BiasFieldCorrection：将下载的文件解压至个人目录，如"/home/your_username/".
1.2 安装CMake：使用wget下载CMake安装包，然后在下载目录下以终端执行安装命令。

在安装过程中，需要格外注意两个关键设置：

SuperBuild_ANTS_USE_GIT_PROTOCOL应设置为"OFF"，以避免网络问题导致编译过程超时。
RUN_LONG_TESTS 和 RUN_SHORT_TESTS设置为"OFF"，可避免编译错误。

1.3 CMake配置与编译

在新建的ANTs文件夹中，通过ccmake命令进行配置。在配置界面，根据需要调整选项，尤其是上述提到的设置。完成配置后，按'g'生成make files，如遇到错误，参考错误信息调整参数。

1.4 编译ANTs

使用"make -j 2 &>&1 | tee build.log"命令进行编译，确保输出显示代码0，表示编译成功。

编译完成后，将Scripts目录下的内容复制到生成的ANT/bin/目录下，以便后续使用。

环境变量设置

为了在终端中调用ANTs命令，需要设置环境变量。在终端中，执行以下步骤：

添加ANTSPATH到~/.bash_profile文件，指定二进制文件路径（如"/home/your_username/ANTs/bin"）。
保存并关闭文件，然后执行"source ~/.bash_profile"以使设置生效。
通过"which antsRegistration"验证路径是否正确，如输出预期路径则安装成功。

尽管这个过程可能耗时，但掌握了这些技巧，ANTs的安装和使用将更加顺畅。如果你在医学图像处理的道路上遇到任何问题，欢迎与我们一起交流和探讨。希望这篇文章能帮助你顺利跨越ANTs安装的难关！

参考资料：初学者示例：Keras实现3D U-Net CNN教程 https://github.com/ANTsX/ANTs